江苏省微生物学会的前身为中国微生物学会江苏分会，于1954年4月在。南京成立初期会员53人，理事长吴徵监。根据江苏省科协和江苏省卫生厅指示，江苏省微生物学会于1962年9月16日在南京医学院正式成立，选举产生第一届理事会，赵慰先任理事长，办公地点设在南京医学院内，由江苏省科协发给印章，自1962年8月10日正式启用。至2011年底，学会拥有会员644人。现任理事长唐家琪研究员。

1979年学会开始恢复活动。1981年6月25日江苏省微生物学会在南京召开第二次会员代表大会，选举产生第二届理事会，樊庆笙任理事长。同时决定在学会内分设工业微生物、农业微生物、医学微生物、兽医微生物四个专业组。1982年学会挂靠单位由南京医学院迁至南京农学院。1985年10月31日在无锡市召开第三次会员代表大会暨学术年会，大会选出第三届理事会，樊庆笙连任理事长。1989年11月27日在南京召开第四次会员代表大会暨学术年会，大会选举产生第四届理事会，樊庆笙任名誉理事长，陈知本任理事长。1994年11月8日在南京农业大学召开第五次会员代表大会暨学术年会，选举产生第五届理事会，武建国任理事长，章克昌、黄为一、唐家琪、林维煌任副理事长，陆承平任副理事长兼秘书长。2001年在南京召开第六次会员代表大会暨学术年会，选举产生第六届理事会，武建国任理事长，陆承平任副理事长兼秘书长。

2004年在南京召开第七次会员代表大会暨学术年会，选举产生第七届理事会，唐家琪任理事长，黄宇烽、陆承平、李华钟、李顺鹏任副理事长，袁生任秘书长。学会挂靠单位由南京农业大学迁至南京师范大学。2009年11月1日在南京召开第八次会员代表大会暨学术年会，选举产生第八届理事会，唐家琪任理事长，黄宇烽、陆承平、李顺鹏、李华钟、袁生任副理事长，袁生兼秘书长。

学会现设十个专业委员会：医学微生物专业委员舍、兽医微生物专业委员会、工业微生物专业委员会、农业微生物专业委员会、食品微生物专业委员会、环境微生物专业委员会、微生物检验与检疫专业委员会、病毒专业委员会、自然疫原微生物专业委员会、基础微生物专业委员会。另设有学术委员会、组织工作委员会、科普宣传工作委员会和教学工作委员会。

学会历年来多次举办大型学术讨论会、中外学者学术报告会、各种形式学习班及培训班，组织青少年夏令营，积极参与省科协主办的科普宣传括动。学会每年举办一次学术年会暨青年学术报告会，编印论文集，评选优秀论文以资鼓励。自1986年9月创办内部刊物（江苏微生物快讯）（双月刊）。1993年改油印为铅印，至今共出版98期。