江苏省海洋水产研究所（Jiangsu Marine Fisheries Research Institute）是江苏省农业农村厅和江苏省科技厅双重领导的直属事业单位，是江苏省唯一专业从事海洋与渔业公益性研究的省属科研机构。

1957年8月17日，在南京成立“江苏省水产科研所筹备处”。同年10月正式批准成立江苏省水产科学研究所。1958年4月，水产部在江苏省水产科学研究所的基础上成立了长江水产研究所。

1960年6月，长江水产研究所和江苏省水产科学研究所划归省农科分院领导。1962年5月，两所移归省水产局领导。1965年9月，两所分开。长江水产研究所109人迁往湖北省沙市。

1966年，在“文化大革命”开始后，科研工作基本停顿。1969年12月，撤销江苏省水产科学研究所，仅留19人并入省农业科学研究所，建立水产组。

1976年4月，恢复江苏省水产科学研究所建制。由于省交通厅未能归还原所址，改在原所的牛蛙试验场重建。1978年5月，经省革委会批准，江苏省水产科学研究所一分为二，分别设立江苏省淡水水产研究所和江苏省海洋水产研究所，江苏省海洋水产研究所在南通市建所。

1989年7月，迁往南通市教育路31号办公。

据2019年4月研究所官网资料显示，研究所共有在职职工85人，其中高级职称31人，中级15人；博士8人，硕士28人。全所共有享受政府特殊津贴的专家1名，省“333”人才培养对象7名，省“六大高峰人才”5名。

据2019年4月研究所官网资料显示，研究所设有业务研究室7个，直属科研基地1个，研发中心4个，重点实验室2个，公益服务体系机构3个，专项技术推广、服务点2个（分别位于海安县和赣榆县）。

业务研究室：海洋渔业资源研究室、海洋生态与环境研究室、养殖技术研究室、海洋生物技术研究室、国家级紫菜种质库、江苏省文蛤良种场、海洋滩涂生物研究室。

直属科研基地：江苏省海水增养殖技术及种苗中心（位于启东市吕四港镇，为省级工程技术中心）。

研发中心：江苏省海洋经济贝类研究开发中心、江苏省条斑紫菜种质研究开发中心、江苏省海水养殖鱼类研究开发中心、江苏省海洋渔业减灾防灾研究开发中心。

重点实验室：江苏省海洋生物资源与生态重点实验室、江苏省海水鱼类遗传育种重点实验室。

公益服务体系机构：东海区渔业资源动态监测网江苏监测站、东海区渔业生态环境动态监测网江苏监测站、农业部渔业行业职业技能江苏鉴定站。

据2019年4月研究所官网资料显示，研究所承担省部级以上公益性科研计划项目52项，其中：农业部“863”计划项目1项、国家自然资金项目1项、农业自主创新项目5项、省科技厅项目14项、省海洋与渔业局项目31项等。

1978年以来，研究所官共获得各级成果奖励75项次。其中国家级科技进步二等奖3项次，国家级科技进步三等奖1项次，部省级科技进步一、二、三等奖共49项次，省农业技术推广二等奖1项次，农牧渔业丰收二等奖1项次。培育出紫菜新品种“苏通1号”，“苏通2号” 2个。