江苏省现代病原生物学重点实验室（
江苏省重点实验室）是在原江苏省医学分子生物学重点实验室基础上于2004年重组而成的省重点实验室。原江苏省医学分子生物学重点实验室是江苏省政府1993年批准在
南京医科大学建立的重点实验室。
十年来，该实验室采用分子生物学和分子免疫学等技术，在我省一些重要疾病的诊治、预防研究、人才培养以及技术服务等方面做出了显著成绩。历任省医学分子生物学重点实验室主任为吴观陵教授、张兆松教授、管晓虹教授。为适应新时期我省感染性疾病控制的需要、进一步发挥该实验室在我省重要感染性疾病研究中的作用，于2004年起重组江苏省医学分子生物学重点实验室为江苏省现代病原生物学重点实验室，首任实验室主任为朱昌亮教授。 重组后的新实验室拟以病原体的快速检测、分型及疫苗研究为突破点，以对严重威胁我国或我省人民健康的新出现或再出现重大传染病的有效防治、干预对策为主攻方向，即充分利用基因芯片和基因工程、蛋白质工程、细胞工程等高新技术手段，力争在病原体快速检测及疫苗研制等方面有所突破；并通过现场工作和实验室研究相结合，从宏观和微观等多方面进行综合性调研，以进一步深入研究各感染性疾病的发生发展规律、影响因素和人群防治对策，建立疫情监测和预警预报系统，从而服务于我省乃至我国的感染性疾病防治工作。新实验室的组织形式与运行机制、建设内容与创新规划、建设目标以及管理制度建设，均参考国内外一流实验室，并结合自身实际情况制定。实验室产、学、研紧密结合，近期内可望获得一批创新性成果，具有明显的经济效益和广阔的市场前景。实验室机构设置合理，3个共用技术平台和1个资源库可满足病原生物及相关疾病研究的需要。
实验室的主体是南京医科大学病原生物学学科，是建国以来首批博士学位授予点和
江苏省重点学科，在省政府和有关部门的长期支持下，已在病原生物及相关疾病防治与研究方面取得了显著的成绩，形成了自己的特色与优势。
近几年来，实验室共承担省、部级以上研究课题75项，其中主持国家”973”课题3项、国家自然科学基金重点项目1项、杰出青年基金B类课题1项、国家“863”课题2项、国家十一·五共攻关课题1项、国家十·五共攻关课题1项、国家九·五攻关课题1项、总理预备金专项基金题2项、国家自然科学基金题30项、美国NIH课题(RO1) 1项、WHO/TDR课题1项，承担欧共体及世界银行等课题6项；获经费2100多万元；发表论文238篇；获省、部级以上科技进步奖19项；科研成果转化项目4项。本实验室有12人(次)在国内外专业期刊担任编委、副主编；22人(次)在省级以上学术团体担任领导职务； 23人(次)获得省级以上荣誉称号；7人享受政府特殊津贴，在国内外同行中具有广泛的影响。
实验室与国内外诸多大学与研究院所开展广泛合作，与美国布朗大学、哈佛大学和Rochester大学、英国伦敦大学、日本山梨医科大学、菲律宾热带医学研究所、香港大学等建有友好合作关系，正进一步拓展与国外其他单位的交流与合作。近5年来，实验室先后派出6人前往美国、英国、日本和希腊进修，承担国际交流合作项目7项，先后举办国际学术会议2次，教师（或研究生）在国外著名大学讲学或在重要国际会议上做报告24人次。