江西九连山国家级自然保护区管理局主要承担九连山国家级自然保护区的自然环境和自然资源调查、监测、保护、宣传教育等职责。

江西九连山国家级自然保护区位于赣州市龙南市，属森林生态系统类型自然保护区，为江西省林业局直属正处级公益一类事业单位，主要职责是：1、宣传有关自然保护区法律、法规、规章和政策;2、编制江西九连山国家级自然保护区总体规划及其专项规划，并组织实施；3、开展江西九连山国家级自然保护区内资源调查和环境监测，建立江西九连山国家级自然保护区自然资源档案；4、开展与江西九连山国家级自然保护区相关的科学研究、生态知识普及和宣传教育活动；5、组织开展江西九连山国家级自然保护区规范化建设；6、监督管理江西九连山国家级自然保护区内的生产、旅游、经营等活动；7、依法查处破坏江西九连山国家级自然保护区内自然资源、自然环境、保护管理设施的违法行为。

2024 年江西九连山国家级自然保护区管理局共有内设机构数量 9 个。包括：办公室、资源保护科、科研管理科和社区事务科 4 个职能科室，下设花露、润洞、大丘田、黄牛石 4 个保护管理站和虾公塘生态定位研究站。2024 年江西九连山国家级自然保护区管理局编制人数小计 55 人,其中：全部补助事业编制人数 55 人。