根据《江西武夷山国家级自然保护区条例》，江西武夷山国家级自然保护区管理局的主要职责为：（一）宣传贯彻有关法律法规、规章和政策；（二）编制
江西武夷山保护区总体规划及其专项规划，在征求所在地县级以上人民政府意见后按程序报批，并组织实施；（三）组织开展江西武夷山保护区内资源调查和环境监测，建立江西武夷山保护区自然资源档案；（四）开展与江西武夷山保护区相关的科学研究、科学知识普及和宣传教育活动；（五）组织开展江西武夷山保护区规范化建设；（六）对江西武夷山保护区内的生产、旅游、经营等活动进行监督管理；（七）依法查处破坏江西武夷山保护区内自然资源、自然环境、保护管理设施的违法行为；（八）法律、法规规定的其他职责。
2024 年江西武夷山国家级自然保护区管理局内设机构8个，包括：办公室、资源管护科、科研管理科、宣教服务中心、叶家厂保护管理站、篁村保护管理站、篁碧保护管理站、车盘保护管理站。编制人数小计 55 人,其中：参照公务员管理的事业编制人数 55 人。