植物保护学院是1952年建校伊始的主要院系之一，是由农业教育家、植物病理学家吴友三教授、张际中教授，农业教育家、昆虫学家任明道教授等老一辈科学家创立的。

2023年9月25日，由沈阳农业大学植物保护学院和河北农业大学、沈阳农业大学共同发起的中国植物保护学科“三北”创新联盟成立。

植物保护学院历经几代沈农植保人的辛勤耕耘，已发展成为拥有覆盖植物病理学、农业昆虫与害虫防治、农药学和有害生物与环境安全4个硕士、博士授予权的一级学科点以及植物保护学科博士后流动站；植物病理学科是农业部和省重点学科，农业昆虫与害虫防治和农药学学科是省重点学科。学院拥有省植物病理重点实验室、省生物农药工程技术研究中心、省教育厅植物病害重点实验室和省教育厅经济与应用昆虫重点实验室，是农业部农药登记田间药效试验及残留试验认证单位和省玉米及蔬菜抗病性鉴定单位。

植物保护学院设有植物保护、应用化学和应用生物科学3个本科专业。

现有教师及专职科研人员61名，其中教授和研究员15名，副教授和副研究员17名。植物保护学院现有博士生导师13名，硕士生导师25名；拥有特聘院士3名、国家务特殊津贴专家2名、国家现代农业技术体系岗位专家2名、全国优秀教师1名、辽宁省教学名师2名、辽宁省二级岗位教授2名、辽宁省攀登学者1名、辽宁省优秀专业带头人1名、辽宁省百千万人才工程百人层次人选7名。植物保护学院已形成一支学历层次高、梯队结构合理，以中青年教师为骨干的师资队伍。植物病理学、农业昆虫与害虫防治、农药学三个教研室均为学校优秀教研室。

1、管理（Administration）：学院办公室（Administration Office）院长办公室（Dean’s Office）党总支办公室（Office of College Branch of CPC’s）（Office of College Branch of CCYL）院工会（Worker’s Union）

2、教学（Teaching）:植物病理（Dept. of Plant Pathology）农业昆虫与害虫防治（Dept. of Agri-Entomology and Pest Control）农药科学（Dept. of Pestcide Sciences）有害生物与环境安全（Dept. of Pest and Environmental Safty）

3、科研（Research）：植物免疫研究所（Institute of Plant Immunology）北方农作物病害免疫重点开放实验室（Key Laboratory of Northern Crop Immunology China’s Ministry of Agriculture）植物保护研究所（Institute of Plant Prptection）生物农药工程中心（Bio-Pesticide Engineering Center）植物病虫害生物防治研究室（Plant Pests Biological Control Lab）植物病毒与基因工程研究室（Plant Virus and Genetic Engineering Lab）植物线虫研究室（Plant Nematode Lab）真菌学研究室（Mycolgy Lab）

植物病理生理学研究室（Plant Physiology Patholgoy Lab）植物病害流行学研究室（Plant Disease Epidemiology Lab.）

4、委员会、领导小组（College Affairs Leader Group）：院务委员会（College Affairs Committee） 学术委员会（College Academic Committee） 学位分委会（Science Degree Committee College Branch） 学科建设领导小组（Disciplinary Construction Leader Group） 学生工作领导小组（Student Affairs Leader Group）.

植物保护学院近年教学科研成绩卓著。教学工作注重师资培养和课程建设，曾获省优秀教学成果一等奖2项，1门课程被评为省首批精品课，3门课程被评为省优秀课，农业昆虫学实验室和植物病理学实验室被省教育厅评为双基合格实验室，1人获全国优秀教师称号，2人获省教学名师称号，3篇研究生论文分别获省优秀博士和硕士论文。植物保护专业被评为省首批普通高校本科示范专业，2008年植物保护专业被国家评为第三批高等学校特色专业建设点，这是我校在本科专业建设方面取得的又一重要成果。植物保护教学团队为省优秀教学团队。本科生学习氛围浓厚，就业渠道广阔，近年考研率一直位居全校前茅。科研工作在玉米、小麦、大豆、水稻、蔬菜、中药材和烟草病虫害研究领域成果显著，近三年来主持各类科研课题70余项、获奖成果16项、发表论文600余篇、著作40余部、申请国家发明专利18项。国际交流与合作十分广泛，多位教师具有出国留学或访问经历，先后成功承办了五届植物保护理论与技术国际培训班。

在学校实现跨越式发展的机遇中，植物保护学院全体师生正瞄准世界植物保护学科的发展前沿，求真务实、开拓进取，力争在学科建设和教学、科研工作中取得更大的成绩。