《宝可梦超世代：宝可梦巡护员与苍海的王子玛纳霏》是由
汤山邦彦执导，
园田英树担任编剧，
松本梨香、
大谷育江、
上田祐司、
KAORI、
山田恭子担任主要配音，OLM Team Koitabashi制作的动画电影，于2006年7月15日在日本上映。
持续旅行的小智与皮卡丘一行人遇到了以表演水中宝可梦秀而闻名的小码头马戏团的“广美”。从能够与水属性宝可梦心灵相通的“水之民”的后裔广美口中，小智得知了在水之民建造的“海之神殿亚克夏”里藏有被称为“海之王冠”的秘宝的传说。然而，人类的眼睛却貌似无法看到神殿。就在此时，“幻影”为了抢走广美持有的蛋而前来袭击了。在激烈的争夺之中，蛋突然发出了强烈的光芒，被称为“玛纳霏”的幻之宝可梦诞生在了小遥手中。这只玛纳霏，掌握着传说的神殿所隐藏的秘密的关键。
宝可梦巡护员“阿杰”的任务是确保玛纳霏平安返回神殿。小智一行人与阿杰一同航行跟在玛纳霏后面。途中，玛纳霏为了找回小遥被风吹落海里的头巾而消失在了海中。为了寻找消失的玛纳霏，小智一行人终于来到了神殿，而出现于他们面前的居然是幻影，他的目的是神殿内的水之民的秘宝。然而，在幻影拿走秘宝的瞬间，天花板却突然大量进水，亚克夏开始冒泡沉没。
该片的剧情是值得观众喜爱的，它所呈现的珊瑚礁与各种海洋生物的CGI动画都做得很好，而不得不提的，是海之神殿也被描绘地非常美丽，给人一种天空之城的感觉。火箭队在该片中得到了更多的刻画，虽然他们的行动仍然以失败告终，但却总是能让观众开怀大笑。担任反派的幻影·杜鲁布的言行举止实在是过于夸张，以至于他表现得没有什么恐怖感。总之，该片是一部有趣又催人泪下的电影。（Film Music Central评）