杨海军教授自2001年12月回国工作后，针对我国90%的城市河段被渠道化、河流生态修复缺乏相应的理论和技术的国家需求，开展了受损河流的生态修复研究工作。通过近10年的努力，取得了系统性理论和技术研究成果，出版了《河流生态修复的理论与技术》、《河流生态修复工程案例研究》、《河流生态系统评价指标体系研究》。

《河流生态修复的理论与技术》一书，论述了如何在确保防洪的前提条件下，将生态学原理应用到水利工程中，通过对河流治理工程的生态设计与控制，是受损害的河流生态系统恢复到受损干扰前的自然状态及景观格局，即恢复河流生态系统合理的内部结构。高效的系统功能和协调的内在关系的理论和技术。