泉州石井港位于泉州城市南翼石井镇，东临围头湾，与金门岛直线距离仅8海里，离台湾本岛台中港94海里，是祖国大陆至台湾本岛距离最近的区域之一。

与金门航程仅14海里，风浪小，船行平稳舒适，是闽南沿海距金门最近的海上“黄金水道”，游客从这里搭乘普通客轮仅需1小时即可抵达金门。

石井码头客运联检大楼占地7200平方米。在区域内配有客轮专用泊位和游客上下航通道及必要的安全防护设施。为了方便客人进出码头，联检大楼还配设出发厅、售票厅、联检通关通道、港务办证大厅及办公服务区，，为旅客提供落地签证、检疫、海关报验及旅游、医疗等“一条龙”综合性服务。

隋大业年间（605—618），隋炀帝谴使开发夷州（台湾），曾泊舟于此，并募舟代驾船渡过海峡以达台湾。

唐辟海上丝绸之路，石井港为古泉州港支港之一。

南宋绍兴十四年（1144），在今石井下坊村建石井巡检司，管理船舶出入海事务。

明末，郑芝龙曾以石井港为据点，编结船队，多达千艘，作海外贸易。

清初，郑成功屯兵金门、厦门两岛，编组东西洋船队，航行于日本、台湾、吕宋等地，石井港亦为其货物集散、船队停靠的主要港口之一。郑芝龙、郑成功父子相继在南安石井建立造船坊，营造军、商两用船，年造三五艘，修数十般。

1992年被省政府批准为国轮外贸运输装卸作业点（二类口岸），同时被辟为台轮停泊点和对台小额贸易点。

2002年开通了与金门货运通航。

2006年被国台办批准为对台客运往来定点码头。

2006年6月8日，“泉金客运航线”开通。

2006年6月18日，石井港至澎湖马公港客货运航线开通。

2007年泉州石井港对金门货运通航运量居大陆港口首位。

2008年12月15日上午，两岸海上直航泉州港首航仪式在石井港区5000吨级码头隆重举行。当天，泉州口岸石井港区第二查验通道开工仪式也同步举行。该通道有望在春运前投入使用，届时港区的日通关人数有望从现在的1000人次提高到2500人次。新通道的开工，标志着石井口岸联检大楼将实现出入境通道分离。随着两岸开放“三通”，两岸关系掀开了新的一页。泉金航线原来按每天1000人次的客流设计的八条出入境旅检通道也将满足不了服务需要，目前建设中的泉州口岸石井港区第二查验通道规划设计日客运量2500人次、年客运量70万人次。

2012年7月29日，泉(州)金(门)客运航线开通6年多来突破1万航次大关，共安全运营10004航次，运送两岸旅客超46万人次，其中台胞达361855人次。

按照《泉州港石井作业区控制性详细规划》，新港区将在现有泊位基础上再建设5000~5万吨级泊位20个，其中万吨级以上泊位12个，建成后可开展集装箱和滚装客货业务，年货运吞吐量预计将达到4090万吨，客运量60万人次，成为泉州打造大港口城市的重要组成部分。目前，石井作业区建设已确定采取BT招商的形式投资建设，现在正加快各项手续报批和征海、征地等基础性工作。

衔接港区的几大交通枢纽已开工建设。连接新港区的南石高速正在建设中，四条主要疏港道路（石井滨海大道、南港路、通港路和通海路）中的南港路、通海路正在编制工可，石井滨海大道、通港路已在做施工图设计，其中石井滨海大道已立项，将贯穿石井作业区、海峡科技生态城，并与厦门翔安规划中的滨海大道相衔接。

规划建设福厦铁路石井通港专线，全长约22公里，计划总投资为6.5亿元人民币，主要建设铁路货运专线、货场、物流中心等。

目前，开通泉州汽车中心站至石井港区客运专线，早上6点从石井码头发班，线路途径石井、水头、官桥到泉州中心站，12分钟一班，票价10元。打的约45公里，40-50分钟，120元。