此剧根据南宋名人
宋慈所著的法医学题材书籍《洗冤集录》为基础，再把著作改编剧集，然后进行拍摄制作。这本法医史上的惊世巨著记载着中国法医学的先驱──宋慈的一生，及怎样抽丝剥茧地破解当时哄动朝野的奇案。
宋慈（欧阳震华饰演）诞生于棺材中，被取笑为“棺材仔”，饱受歧视。然而乐观积极的他从不受影响，是一个快乐的打更人。直到他与侠义江湖女唐思（宣萱饰演）被卷进谋杀村长的案件中被判死刑，在案件侦破过程中得到了新知县宋翊的帮助，沉冤得雪之余还被聘请为仵工。其后二人联手，屡破奇案。唐思与捕快聂枫（陈妙瑛饰演）同样暗恋宋翊，然而宋翊迎娶的，却是富家千金蓝彩蝶。宋翊的聪明和憨厚慢慢让唐思与聂枫刮目相看，这时却传来了唐思乃是公主的消息，同时，宋翊的行为引起了父母的怀疑，他……不是真的宋翊吗？
宋慈（欧阳震华 饰）命犯天煞孤星，本以为就此孤独终老。然而天无绝人之路，绝境逢生的他不仅自此平步青云，当上了提点刑狱司，还娶了两位貌美如花的夫人唐思和聂枫。宋慈好不得意，以为命中天煞孤星自此破解。在携带两位夫人一起前往谭州任职途中，路经兴隆府恰巧遇上了一起凶案。兴隆府允得知大名鼎鼎的提点刑狱司宋慈路经此处，于是请他出手帮忙破案。宋慈仗义出手，岂料两位爱妻竟因此葬身火海。万念俱灰的宋慈于是辞官归隐，回乡途中所搭乘的船只又碰上了暴风雨，宋慈跌入了怒海中。
一日，松山县捕快展杰在沙滩发现了奄奄一息的宋慈，于是将他送往了当地的义庄。守义庄的阿虫（欧锦棠 饰）在偷宋慈身上的玉佩时意外令他恢复了知觉。随后，专门替死人化妆的玉珠（佘诗曼 饰）和阿虫返回时看见宋慈拿着刀走向一名女尸，以为他有什么不轨行为，于是上前阻止。原来宋慈竟是为女尸接生!于是，宋慈在松山县又开始了一幕幕精彩的洗冤实录。