1930年,洪九畴考入县立第一高等小学堂(后改名书院巷小学)。他学习刻苦,成绩优秀。毕业后,到县城黄州馆报名参加了国民党安绥军一团干部教育培训班,从此开始了他的
戎马生涯。1935年冬,洪九畴随国民党军赴关中,奉命阻击红军74师入关。12月11日夜,洪九畴与9连连附何继周密谋勒死连长张锡成。暴动成功后,他们自命为陕南游击纵队,洪九畴任文书,并及时与红军74师取得联系。1936年5月,这支部队正式命名为“陕西人民抗日第一军”。洪九畴任经理处军需员,负责部队财物保管和后勤供应等工作。
陕西人民抗日第一军奉命北上,于1937年1月编入红军第15军警卫团。洪九畴任该团供给处军需员。不久,洪九畴奉命去延安“抗大”学习,并加入了中国共产党。洪九畴“抗大”学习毕业后留校工作,先后担任区队长、大队长、供给处长、秘书科长等职。1944年8月,洪九畴随八路军河南独立第3支队,从延安出发,挺进豫西伏牛山,建立河南军区。洪九畴任河南军区3分区政治部宣传部长兼地委秘书长。1945年8月,3分区与?岈山部队合并组成豫中军分区,洪九畴任豫中地委社会部长、秘书长。抗战胜利后,洪九畴先后任中原军区独立3旅秘书科长、第15旅44团副政治委员、政治委员。“中原突围”战役后,洪九畴率部摆脱了国民党军两个师的追击,进抵武当山区,开展游击战争。由于环境恶劣,战斗频繁,长期得不到休息,部队辗转到陕西省镇安县后,他的肺病复发了。1946年10月中旬,宁陕江口解放后,第15旅政治部考虑到他病情恶化,行动不便,将他安置在江口蚂蝗沟一农民家养病。部队走后,房东又将他秘密转移到户县涝浴河,逃脱了恶霸地主武装的追捕。养病期间,他曾在户县西沟初小教书,继续进行革命宣传活动,对革命事业充满着必胜的信念。?