清初设济南府衙于明代府衙原址（今山东省政协址）,为济南府最高行政机关。初理5州26县政务，1734年（雍正十二年）后管理1州15县政务，即德州和历城、章丘、邹平、淄川、长山、新城、齐河、齐东、济阳、禹城、临邑、长清、陵县、德平、平原诸县。

机构设置

府衙设知府1人,负责一府之政务,为最高行政长官;清军同知、粮捕通判各1人,为知府佐官,分别负责军粮供给、钱谷水利、巡捕缉查等务,粮捕通判1677年(康熙十六年)移驻德州;儒学教授、儒学训导各1人,掌管学校教育、生童考试、孔庙奉祀等,驻府学内。府衙内设事务机构经历司、司狱司,办理文书出纳、罪囚羁解及备知府、同知差遣等,分置经历、司狱各1人。此外,设阴阳学正术、医学正科、僧纲司、道纪司各1人,分别负责占卜星相、医药、佛教、道教事务,皆家居领职或附居寺观,有官无禄,为庶人在官者,地位低于品官。迄清亡,知府共145人。1912年中华民国建立后,府的建制撤销。