济宁市住房公积金管理中心于1995年7月开始建立，机构原名称为济宁市住房资金管理中心，挂靠在市财政局。2003年初，根据国务院《
住房公积金管理条例》和《国务院关于进一步加强住房公积金管理的通知》（国发〔2002〕12号）精神及省市有关要求，正式启动住房公积金管理机构的调整工作。2003年4月，我市将机构调整方案上报省政府，获得省政府的批准，成为管理我市住房公积金的唯一机构。2003年6月市编办下发文件，批准市住房公积金管理中心为正处级
全额事业单位，7月市中心领导班子到位，12月9日正式揭牌运营。
按照每个设区城市设立一个住房公积金管理中心，县（市）不设立住房公积金管理中心的要求，2007年4月29日，市编委专门研究了县市区和兖矿集团住房公积金管理机构问题，下发了济编〔2007〕11号文件，明确了各县市区和兖矿集团住房公积金管理机构的规格和人员编制等问题，6月8日，市政府批准了市中心机构调整实施方案。在全市12个县市区设立了3个分中心、9个管理部，均为科级规格，2008年12月，兖矿分中心正式上划，规格为副处级。2009年6月，根据业务发展实际情况，中心对内部科室进行了整合调整，设办公室、人事教育科、计划财务科、归集管理科、信贷科、监督检查科、信息科等7个科室及1个城区综合服务大厅。2010年12月，市编办下发济编办〔2010〕71号文件，批准中心增设城区综合服务科。
1.编制、执行住房公积金的归集、使用计划；2.负责记载职工住房公积金的缴存、提取、使用等情况；3.负责住房公积金的核算；4.审批住房公积金的提取、使用；5.负责住房公积金保值和归还；6.编制住房公积金归集、使用计划执行情况的报告；7.承办市政府交办及
住房公积金管理委员会决定的其他事项。