浙江中医药大学药学院成立于1986年，时称中药系，1999年更名为药学系，2006年更名为药学院。

浙江中医药大学药学院始建于1986年，是我校最早成立的学院之一，前身为中药系，1999年更名为药学系，2006年更名为药学院。1986年设立中药学大专专业，1994年设立中药学本科专业，2000年设立药物制剂专业，2001年设立药学专业，2003年设立食品科学与工程专业,2011年设立中草药栽培与鉴定专业。学院现有5个本科专业；药物制剂、中药资源、药理等3个研究所，药物分析、药物化学、食品、数学、中药等5个教研室，中药制剂实验室、中药资源工程学实验室等6个浙江省重点实验室；拥有中药学、药学等2个一级学科硕士点，1个中药学博士点，1个中药学博士后科研工作流动站，是国内药学类专业门类较齐全、中西药两个领域并驱，具有本科生、硕士生和博士生等高层次人才培养能力的少数院校之一。

1996年，该院被国家中医药管理局确定为执业药师培训点，执业药师培训连续11年考试通过率在50%以上，位居国内培训点前列。

1986年设立中药学大专专业；

1994年设立中药学本科专业；

2000年设立药物制剂专业；

2001年设立药学专业；

2003年设立食品科学与工程专业；

2005年中药学学科被确定为浙江省“重中之重”学科；

2008年中药学专业被确定为浙江省重点专业，同年，中药学专业被确定为国家级第一类特色专业；

2009年药物制剂专业被确定为浙江省重点建设专业。

2011年设立中草药栽培与鉴定专业。

经过多年的建设，药学院已经建成以中药学学科群为优势和特色，以药学和食品科学与工程学科群为基础和支撑，具有一定国际影响、国内知名的教学研究型学院。

药学院设有中药学、药学、食品卫生与营养、中草药栽培与鉴定4个本科专业，其中中药学、药学专业为国家级一流本科专业，食品卫生与营养、中草药栽培与鉴定为浙江省一流本科专业；建有中药学、药学2个一级学科硕士点，中药学博士点和中药学博士后科研工作流动站。

中药学学科为浙江省“重中之重”学科（两轮滚动建设）、浙江省一流学科（A类）、浙江省重点建设高校优势特色学科，药学学科为浙江省一流学科（B类）；中药药剂学、中药药理学为国家中医药管理局重点学科；药理学与毒理学学科为ESI全球前1%学科；中药资源学为浙江省重点学科；中药资源工程学、中药药效毒理学、中药药物代谢动力学为浙江省中医药重点学科。