隶属浙江省农科院，实行省市双重领导。现有职工99人，其中：
专业技术人员62人，高级职称12名、中级职称25名，省、市专业技术拔尖人才和新世纪培养人才11名。下设六大研发处室—— 园林花卉研发中心、药用植物与果树研究室、森林资源与生态环境研究室、虫生真菌利用研究室、 园林绿化公司、马站试验站，两个管理服务部门——党政办公室、科研管理办公室。拥有自主使用权属的土地1032亩，科研办公用房4000平方米。
主要研发领域——园林、花卉、林业、果树、中药材、真菌代谢产物利用、植物保护、植物引种与驯化、食用菌、数字农业与信息技术。科技创新平台——农业部新农药田间药效试验认证单位、土壤与植化测试中心、组培中心、中药现代化研究中心、果树研究中心、现代林业与生态工程技术研究中心。科技开发主导产业——中高档花卉经营、园林绿化工程。四大产业化开发基地——温州市农业高新园区亚热带植物种苗创新基地（中高档花卉科技示范基地）、景山亚热带特色绿化苗木基地、高山花卉培养基地、特色苗木繁育基地。
建所40多年来，秉承“立足温州，服务浙江，创新科技，拓展作为”的宗旨，先后引进亚热带特色经济作物和园林绿植638种，建立各类科技示范和成果推广基地12万亩，为浙江全省创造30多亿元社会经济效益。取得省部级和地市级获奖成果60余项，发表学术论文660余篇，出版专著20部。投资600余万元建成的亚热带植物种苗创新基地和园林花卉科技示范基地，设施水平和科技含量全市一流，年产中高档花卉和观赏绿植40余万盆。具备园林施工二级资质的科技型企业——亚热带园林绿化工程有限公司，对外承接园林绿化工程设计与施工。集40多年引种驯化科研积累于一身，位于景山公园内的亚热带植物种质资源库和科普植物园，为国家级植物科普教育基地，区位和资源优势明显，是开展科普教育、休闲服务和科技开发的新增长点。
在新时代背景下，我们将进一步弘扬“敬业图强，求实创新”的亚作所精神，拓展和提升科技为地方经济社会建设服务的内涵和作为，努力做好为效益农业发展服务、为城市环境建设服务、为山区科技扶贫服务、为温州社会发展服务。
浙江省亚热带作物研究所，位于温州景山公园内，通过十几年的园林花卉专题系列研究，成功引进并开发了具有亚热带风光的特色树种华盛顿棕榈、皇后葵、加拿里海枣、红花羊蹄甲等特色树种，培养生产仙客来、一品红、洋兰、风信子、蒲色花、欧洲报春等中高档时尚花卉，通过组织培育技术成功培育出红掌、波斯顿蕨、绿巨人、香石竹、芦荟等植物。研制出观花、观果、木本观叶、草本观叶等四种类型的花卉无土栽培营养液，形成了较为完善的无土栽培技术体系。目前本所以园林花卉开发中心、园林绿化公司为主要开发载体，全方位地开展园林绿化植物引种选育、观叶植物培育、苗木经营、观叶植物培育、苗木经营、花卉租摆、园林工程设计、施工、园林物业管理、技术咨询、科技培训、热线服务等项目。
本所负责主持的“亚热带植物温州种苗创新基地”项目通过立项论证，于2001年9月正式启动实施，该基地位于温州市农业
高新技术园区（瓯海潘桥），占地105亩，预计总投资为1000万元，目前已投入300多万元，其中省财政拔款到位100万元。预计用一年的时间建设，到今年9月份，将建成连体大棚25000m2，时令草花培育大棚10000 m2，中高档盆花培育大棚5000 m2，室内观叶植物培育大棚5000 m2，公用和药用花卉培育大棚2000m2，新品展示产繁育温室大棚3000 m2，年产量100万盆（株），年利润80万元。通过发挥科技示范辐射作用，将为当地效益农业发展、产业结构调整和种子工程建设作出应有的贡献。