1988年12月，经
浙江省人民政府同意，成立了第一届浙江省自然科学基金委员会。当年省政府专项财政拨款200万元，设立浙江省自然科学基金,是国内最早设立的地方
自然科学基金之一。
浙江省自然科学基金的宗旨是：根据本省发展科学技术的方针、政策法规和规划，围绕“建设科技强省，打造全国一流的区域创新体系”科技工作总目标，有效地运用科学基金资助手段，加强我省的基础研究，以促进我省可持续发展目标的实现。
资金来源和资助范围： 浙江省自然科学基金主要来自省财政拨款，同时接受国内外单位和个人的捐赠。浙江省自然科学基金面向全省，主要资助自然科学、工程科学和管理科学等领域中的基础研究、应用基础研究以及战略性前沿技术研究。凡有能力、有条件从事基础研究的我省科研人员均可按相关管理规定申请资助。
浙江省自然科学基金委员会自成立以来，在浙江省委、省政府的直接关怀下，在省科技厅、财政厅的大力支持下,在全省科研人员的共同努力下，全面引入和实施了先进的基金制资助模式和管理理念，确立了“依靠专家、发扬民主、公平公正”的评审原则，形成了“宏观引导、自主申报、同行评议、平等竞争、择优支持”的运行机制，建立了评审、决策、执行、监督、咨询相互协调的科学基金管理体系并制订了一系列管理规定。
浙江省自然科学基金注重基础研究、自由探索、青年人才培养和国内外合作交流，形成了由研究类项目、人才类项目和学术交流类项目三大系列组成的资助体系。经过二十多年的发展，浙江省自然科学基金的财政投入已从最初的200万，发展到2011年的8000万元规模；资助项目数从最初的216项，上升到2011年的936项，累计资助项目数达到8099项。
浙江省自然科学基金在浙江省基础研究中发挥了“种子基金”、“扶持基金”、“人才孵化器”等作用，在促进我省基础研究工作发展，提升地方原始创新能力等方面起到了不可或缺的重要作用，尤其是在争取国家基础研究资源、培育国家级科技成果、培养杰出科技人才等方面取得了显著成效。据2010年度中国科技论文统计结果，我省SCI论文数、国际被引用篇数均居全国第四位，得到省自然科学基金资助的多位科学家在《
NATURE》和《SCIENCE》等国际顶尖杂志上发表了具有较大影响力的论文，我省基础研究总体水平已居全国前列。
继往开来，浙江省自然科学基金将发扬求真务实的精神，坚持以创新能力建设为主线，以培养和造就大批创新人才为核心，紧密围绕我省“创业富民、创新强省”战略，努力提高自主创新能力，为创新型省份建设做出更大贡献。