日本海上自卫队（英语：Japan Maritime Self-Defense Force，缩写：JMSDF，日语：海上自衛隊，日语假名：かいじょうじえいたい）是隶属于日本防卫省的特别机关，在地位上相当于他国的海军，即日本国的海上武装力量。

关于1945年前日本海上自卫队的前身日本帝国海军，见词条：日本帝国海军。

第二次世界大战后，日本战败，日本帝国海军被勒令解散。按照1946年颁布的《日本国宪法》，日本将放弃武力，成为一个和平国家，但不久爆发的朝鲜战争的爆发，却使得日本很快又重新武装起来。随着旧金山对日和平条约以及日美安全保障条约的签订，如何在和平宪法的框架下重新武装日本排上了议事日程。其中，为了筹备编制新日本海军的摇篮，在原海军大将野村吉三郎的倡议下设立了一个委员会。这个委员会由曾经担任过海军军务局长的原海军少将山本善雄负责，以10名原海军人员、海上保安厅职员为委员，和14名委员辅佐而组成，负责接受从美国借贷而来的舰艇，并召集乘组员，进行训练和编制，事实上它便成为日后重建日本海上力量的骨干组织。

1952年4月26日，一个被称为海上警备队的特殊机关在日本海上保安厅中成立。这个机关的主要任务就是接收并使用从美国借贷的舰艇。而这个机关在不到3个月后的8月1日从海上保安厅分离出来，被称为保安厅警备队。同年11月12日，美国与日本签署了船艇借贷协定，同意向日本出借18艘1450吨塔科马级护卫舰和50艘（后追加3艘）300吨级登陆支援艇（LSSL），日本分别称为楠级警备船以及百合级警备艇，这些舰艇是日本战后最早的水上战斗舰艇。

1954年7月1日，日本颁布了防卫厅设置法与自卫队法，因此，保安厅警备队也随之改名为防卫厅海上自卫队。因此，日本将成立海上自卫队前身的海上警备队的那一天，作为日本海上自卫队的成立日。虽然这支海上力量是以全面依存美军的状态开始的，但仅到1956年4月日本自己便建成了战后较早的水面作战舰艇春风号驱逐舰。这艘1600吨的驱逐舰以战前的白露型驱逐舰为原型，并参考了美国的艾伦·萨姆纳级驱逐舰，外观上明显兼具日美两国舰艇之风。到了1960年6月，日本又建成了战后较早的亲潮级潜艇。

在当时的冷战环境下，日本海上自卫队的使命便是协同美国海军第七舰队与苏联的太平洋舰队对峙，其最为主要的使命便是反潜以及水雷作战。这些使命也成了海上自卫队的发展基调，而日本海上自卫队的反潜以及水雷作战能力也达到了世界较强的水平。从1958年到1976年这18年间，日本海上自卫队完成了第一次到第四次防卫力整备计划，建成了包括4艘别具一格的直升机驱逐舰、天津风号护卫舰与太刀风级驱逐舰等现代化舰艇，基本上已经赶上了世界舰艇的先进行列。同时还引进了当时比较先进的P-2海上巡逻机以及海王反潜直升机的生产线，大大充实了岸基航空力量，并开始部署了舰载航空兵力。

而此后的各次被称为防卫计划大纲的建造计划中，日本海上自卫队的实力更是有了突飞猛进的发展。随着实力的扩大，海上自卫队的组织也进行了调整。根据大纲，作为主力舰队，共建立4个护卫队群，也就是通常所说的八八舰队，即一支以直升机驱逐舰为核心的，拥有8艘水面舰艇与8架反潜直升机的机动反潜舰队。此外还拥有10个基地防御用的护卫舰队，也就是所谓地方队。其他还有6支潜水舰队、2个负责水雷作战的“扫海队群”、16个陆基反潜航空队。主要兵力维持在水面舰艇60艘、潜艇16艘、作战飞机220架的水平。

冷战末期，日本又建成了引人瞩目的金刚级驱逐舰，成了世界上第二个拥有宙斯盾系统舰艇的国家。宙斯盾系统是为了对付苏联可能对美国航空母舰特混舰队的反舰导弹饱和攻击而开发的防空系统。然而随着冷战的结束、日本经济的萧条，海上自卫队的预算受到了相当的影响，舰队组织也发生了大规模的缩减。比如地方队从10个先是减为7个，而后又减少为5个，扫雷群减为1个，航空队也调整到了9个。

不过，虽然在组织上看来海上自卫队的数量在减少，但是由于其舰艇更新换代比较快，舰艇的总吨位却一直在攀升。比如1990年的舰艇总数为170艘，标准排水量31.9万吨，而2011年尽管数量变为143艘，但是标准排水量则达到了45万吨。这其中，具有代表性的是2009年竣工的航母型的日向级直升机驱逐舰、具有拦截弹道导弹功能的第二代宙斯盾舰爱宕级驱逐舰、具有直通甲板的大型登陆舰大隅级登陆舰、装备不依赖空气推进（AIP）系统的新型潜艇苍龙级潜艇等。而航空力量中，除了更新现有主力机种P-3C外，新一代日本国产反潜巡逻机P-1已经基本成型。

冷战结束之后，针对朝鲜不断试射弹道导弹等新问题，海上自卫队开始发展了弹道导弹防御的新的技术。而海上自卫队的巡逻区域，已经超过了当年《中美英三国促令日本投降之波茨坦公告》规定的12海里领海线。自从海湾战争后的波斯湾扫雷行动首次出国之外，在所谓的非战争军事活动方面，海上自卫队早已经迈出国门。2009年6月19日，借口索马里海盗的猖獗，日本制定了《应对海盗法》，这样，海上自卫队不仅派遣舰艇前往亚丁湾护航，而且还以吉布提为活动据点，作为两架P-3C飞机的基地。此举开了海上自卫队正式常驻海外先河，其影响之深不言而喻。而且，随着美国海军规模以及活动范围的缩小，日本海上交通线的保护，也将越加依赖海上自卫队自身，因此其远隔千里之外的海上交通线，也将成为海上自卫队的巡逻范围之内。

随着与中国之间主权领土争端的加剧，在最新的防卫大纲中，海上自卫队的总体兵力与基本配置有了重大调整。大纲中首先提出了“机动防卫”这个概念，并将整体兵力的重心向西南方面转移。原来保持16艘潜艇的兵力计划在十年之内一举剧增为22艘，主力水面作战舰艇从47艘增加1艘为48艘，作战用飞机保持在150架左右。而且更新一代的直升机驱逐舰DDH-183出云级直升机驱逐舰也已下水，这是一种满载排水量达到24000吨的大型舰，与日向级相比增加了五成左右，搭载直升机也从10架增为14架。因此，日本海上自卫队的总体作战能力迅速得以提高。

2019年12月27日，日本政府决定向中东派遣海上自卫队，前往阿曼湾执行情报收集任务，其派遣的依据是仅凭防卫相命令即可实施的《防卫省设置法》中的“调查研究”。日媒称，虽然规定在内阁会议决定和活动结束时必须向国会报告，但无法消除对基于政府单独判断的自卫队海外派遣不受约束扩大的担忧。

2022年1月11日报道，从2021年春开始，日本海上自卫队护卫舰已经多次在中国南海航行。报道声称，与美国在南海进行的所谓“航行自由行动”一样，此举的目的在于牵制中国。这一系列动作可称为日本版“航行自由行动”，其实施的背景也包括中国在钓鱼岛附近海域日益频繁的活动。

2022年4月13日，美国海军第七舰队表示，以核动力航母“亚伯拉罕･林肯”号为中心的航母打击群进入日本海，从8日起与日本海上自卫队实施联合训练。

现海上幕僚监部是海自的统帅机关，相当于海军参谋部（军令部）。主力部队全部编为自卫舰队，相当于旧海军的联合舰队，地方队进行警备与支援，另外还有其它后勤与业务部门。海上幕僚监部下辖总务部、人事教育部、防卫部、挥通信情报部、装备部、技术部、监察官、首席法务官、首席会计监查官、首席卫生官。

海上自卫队下以自卫舰队（护卫舰群、航空集团、潜艇舰群、扫海舰群、情报业务群、海洋业务群、开发业务群、特别警卫队）和五个地方队（横须贺地方队、吴地方队、佐世保地方队、舞鹤地方队、大凑地方队）为主体，另编教育航空集団、练习舰队、组织通信队群、海上自卫队警务队、潜水医学练习队、补给队、东京业务队、东京音楽队。

司令部（厚木航空基地）：P3C约20架

第2航空群（八户航空基地）：P3C约20架

第4航空群（厚木航空基地）：P3C约20架

第5航空群（那霸航空基地）：P3C约20架

第21航空群（馆山航空基地）：SH-60J、SH-60K约40架

第22航空群（大村航空基地）：SH-60J、SH-60K约40架

第31航空群（岩国航空基地）：电子作战机约10架

第51航空队（厚木航空基地） ：使用指导和飞机测试和评价等

第61航空队（厚木航空基地）：YS-11、LC-90运送部队

第111航空队（岩国航空基地）：扫雷直升机部队MH-53E约10架

第1航空修理队（鹿屋航空基地）

第2航空修理队（八户航空基地）

航空管制队

机动施设队

第1练习潜水队

第1潜水队群

司令部：吴

第1潜水队

第3潜水队

第5潜水队

第2潜水队群

司令部：横须贺

第2潜水队

第4潜水队

横须贺潜水舰基地队

2024年7月19日，据日本广播协会电视台报道，日本防卫省相关人士透露，涉事自卫队队员在截至2022年10月的5年半内，在实际未潜水的情况下、非法领取潜水津贴5300万日元（约合人民币245万元）。

2024年11月10日上午9时50分左右，日本海军自卫队一艘舰船发生火灾。自卫队一船艇发出通报，称“发动机舱发生火灾，有一人被困”。 事故地点：福冈县近海。