海会寺，位于今市区丹凤南路尹公桥东北侧。据《丹阳县志》记载，海会寺始建于明万历八年（1580年），僧正善募建，初名海会庵。“海会”的名称出自佛教著名典籍《华严经》，意为高僧云集，虔诚修行。

《华严经》云：海会者，乃以深广故意。”为佛经做注的人说：海”比喻德高、数众。于是人们遂把许多高僧会聚在一起叫海会。中国已故佛教协会会长赵朴初先生曾在《访云冈石窟及华严寺》一诗中有这样的诗句：仿佛“灵山集海会”，弟子或坐或立或语或默或悲或欣然。这里的“海会”就是上面所说的意思。

灵山是释迦牟尼讲经之处，朴老则是说石窟石像。而禅宗在原义的基础上对“海会”又做了一些新的解释，禅宗说：僧众到寺院来修行，就好像百川流入大海，归宿和目的都是一样的。于是就把众僧会聚到寺院来修行称为海会。用“海会”命名寺院，是把普通名词变成了专有名词，意思是高僧云集，虔诚修行。

故而，国内有许多以“海会”命名的古刹。

万历四十二年（1614年），朝廷敕赐海会寺新名“万善寺”，并颁大藏经卷，但丹阳民间仍习惯称“海会寺”。同一时期，丹阳地方人士为“镇风水”，在丹阳东门古运河畔兴建宝塔，因此地临近万善寺，修建的宝塔被命名为“万善塔”。明天启末年，丹阳开工建万善塔，至明崇祯十年(1637年)建成。

万善海会寺建成后，一度香火旺盛，1644年，明朝灭亡，清朝建立，万善海会寺正常运行。清康熙二十年，寺庙大殿毁于火灾，僧宝相募建。此后的100多年，中国经历了康乾盛世，社会稳定，经济繁荣，万善海会寺得到了快速发展，高僧辈出，寺名远播数百里。至清朝末年，太平天国农民起义爆发，咸丰庚申（1860年），太平军攻占丹阳城，县城遭到严重破坏，在这次战火中，万善海会寺遭到毁灭性破坏。

同治四年（1864年），丹阳重新被清军占领，这时的万善海会寺已是“荆棘纵横，瓦砾堆积”。上升授权宽鸿重新募建，历尽艰辛，从同治六年（1866年）至光绪九年（1883年）这十八年中，恢复了寺庙百分之九十的建筑，只有藏经楼尚未告成。为了表彰功德，启迪后人，第二年，丹阳地方绅士徐锡麟等人特意撰文并刻写了《重建万善禅寺碑记》，竖立在寺内。碑高2.5米，碑宽0.50米，碑首雕刻着“二龙戏珠”图案，上刻“十方常住，重建碑记”八个楷体大字。到抗日战争爆发前夕，万善海会寺寺院保存完好，时为丹阳名寺之一。

1949年后，万善海会寺受到严重影响，“文革”中，僧人被迫还俗。但寺庙基本保存完好，1970年前，寺院共为3进，有僧舍、方丈楼、藏经楼等计50余楹。第一进5间，每间6檩，宽3.6米，脊高4米，前后檐高3米。两侧塑有四大金刚，高丈余。第二进5间，为大雄宝殿。为硬山式砖木结构，内塑有弥陀佛1尊，为佛龛座像。每间8檩，宽3.6米，脊高8米，前后檐高分别为3.6米、4.2米。在一、二进天井内，有铸铁炉亭两只。第三进5间，为藏经楼，亦为硬山式砖木结构，楼2层，每间8檩，宽3.6米，脊高12米，前后檐高8米。底层有走廊，廊宽2.3米。在寺院东侧，建有浮雕1座，与万善塔相映，里人称之为小宝塔。

后来，万善海会寺旧址作为丹阳市委党校办公处，到了21世纪初，残存的大雄宝殿也被拆除，如今除藏经楼外，其余寺舍均已不存。藏经楼前两株银杏今仍挺拔参天，古枝苍节，为明万历年间万善海会寺初建时的遗物。

检阅佛教感应故事《第一功德录》，便可以发现这么个有趣的故事。说是明崇祯年间，桐城的吴国琦，号雪崖，当福州的司理。他是位虔诚的佛教徒，经常到开元寺去礼佛诵经。当他听说福建省的僧人大多吃荤，而开元寺甚至还养牲畜来杀食，于是就请督抚勒石公告，严格禁止这类事情的发生，但是此一顽劣的风气仍是无法完全扫除。有一天，雪公在寺里的禅堂念佛，有一只鸡听到了便也跟着念佛。于是雪公就责问僧人说：你们不是说寺里早就不养牲畜了吗？怎么还会有鸡呢？”雪公一找就找到了这只公鸡，这时仍不停地念佛，雪公便又狠狠地责备僧人说：现在可以看到畜牲都尚有佛性，而你们这些剃头穿染色衣的破戒人，还比畜生差得远了，堕落恶道是一定的了。”寺里的僧人哭泣忏悔说：“我们从现在开始发大誓愿，一定要诚实地斋戒。”福建全省僧人，听到这件事之后，风气也都为之一变。

雪公还把这只鸡养在官署中，它经常不停地念佛。此后，雪公转到丹阳任职，又把鸡送到丹阳的海会庵。因为海会庵是接待众人的地方，能够使远近的人都因而生信念佛之故。

鸡被送到庵里的那天，它就站着念佛而往生了。雪公特意立了个塔来纪念它。

新海会寺于2009年11月18日正式奠基动工，新建海会寺位于万善塔之东南地块，呈倒梯形，总用地面积约95.9亩，总建设面积63983平方米，总投资约1亿元。海会寺西北侧还将与万善公园的水面相通，由桥梁沟通，其他三面均与城市道路相接。由于采用与传统佛寺制式有传承的轴对称格局，寺庙以对称轴为中心依次展开。