寺院坐东面西，建在清水河畔，夏季洪水曝涨，寺周一片汪洋，但它却点水不沾，稳如泰山，故名「海会庵」。海会庵是一座神奇的尼姑庵。海会庵，创於清代，民国初年（一九一二年）普济和尚重修。
现存寺宇占地四千四百一十平方米，有殿堂十一间，
禅堂房舍二十六间，钟鼓楼各一座，
中轴线上自西向东依次为天王殿，文殊殿和大佛殿，均为民国初年（一九一二年）建筑。天王殿，面宽三间，十一．六米，进深八．一米，单檐硬山顶。殿内正面供著大肚弥勒佛，笑迎天下客，腹藏渡人船。背面供著精悍的韦驮菩萨，一副中国昔日的武将模样。两山为四大天王踩八怪彩塑。天王殿两旁为虎啸龙吟的钟楼直楼，十字交叉歇山顶。中为观音殿，面宽三间，十一．五米，进深九米，重檐歇山顶。中供观音，左文殊，右普贤，庄严肃穆。後为大雄宝殿，面宽三间，十九米，进深十．四米，前设走廊。内供释迦牟尼佛、药师佛和阿弥陀佛，释迦牟尼佛前侧为迦叶、阿难两弟子。左次间为玉皇殿，右次间为地藏殿。寺院南北两翼为僧舍，南面还有一间送子观音，北面也有一间伽蓝殿。
海会庵建於台日据时期，昭和4年（西元1929年），原址为元光寺之女众宿舍，由达明法师及弟子智文劝募兴建。海会庵规模并不大，正殿主祀华严三圣（毘卢遮那佛、文殊师利菩萨、普贤菩萨），两侧壁龕祀目健连及地藏菩萨，殿外两侧祀弥勒佛及四大天王，是典型的佛教寺庙。庵前三棵百年桂花树，由金刚寺移植至此，树大且枝叶茂密，阵阵桂花香随风飘散，彷佛身历仙境；寺庵三面环山，前有峡谷，在夜间远眺香山沿海，渔火闪烁，令人有涤尘脱俗之感。
海会庵腹地不大，进深有限，因此采单殿式的建筑配置，左右边有两层楼的横屋，并随著后代增建，而成今日之规模。大殿为一座传统闽南式建筑，前方有庙埕，庙埕外有围墙与山门，山门旁有一座土地庙，四周林木蓊郁，环境清幽。兴建之时，邀请当时新竹有名的大木匠师徐清，负责设计整体的格局与构造，兴建之时正值台湾受到洋式风潮影响的年代，海会庵虽没像
灵霞洞一样采洋式立面，但内部构造却流露出洋风建筑的影子。例如殿内柱子以洗石子装饰、柱头为洋风样式，且结构系统一改传统构造而以水泥拱圈取代，但拱圈兼具平拱与弧拱特色，创造出一种高耸而柔美的空间感。