海关监管手续费是指海关对经核准予以减税、免税进口货物或保税进口货物，按国家政策规定实施监督管理和提供服务而收取的一种手续费用。
征收时间
在入境地海关以口岸纳税方式报关进口的减免税和保税货物，应于货物申报进口之日计征。缴纳期限、滞纳金征收与关税相同。
征收范围
海关监管手续费的具体征收范围如下：
1．供应国际航行船舶、飞机进口时予以免税的燃料、船(机)用物料、机器设备的零件、部件和其他货物；
2．现有企业为技术改造而进口的减税或免税的机器设备；
3．科研机构和大专院校进口免税的科研和教学专用设备；
4．国内机构和企业利用外国政府或国际金融组织贷款进口的减免税货物；
5．国家鼓励发展的内外资项目进口的减免税货物，“三资”企业进口用于营业性的物资及进口料件加工后内销，仍予减免税的物资；
6．进料加工和来料加工项目内的，以及境外客商提供的，准予暂免税进口在国内加工、装配后复出口的进口原料、材料、辅料、零件、部件和包装材料；
7．在国内保税、寄售的进口减免税货物；
8．国务院特定的其他进口减免税货物；
9．经海关总署或海关总署会同财政部按照国务院的规定审查批准的临时减免税进口货物。
免征范围
1．《进出口税则》列名进口免税的货物；
2．外国政府、国际组织无偿赠送的物资；
3．外国团体和个人赠送的礼品及华侨、港澳台同胞捐赠的用于公益事业的物资；
4.用于救灾的物资；
5．供残疾人专用的设备和物品，以及残疾人福利工厂进口的机器设备；
6．享受外交特权和豁免的外国机构进口的公务用品；
7．在海关放行前遭受损坏而准予减免税的进口货物；
8．向国外索赔的准予减免税的进口货物；
9．进口后未经加工，保税储存不足90天即转运复出口的货物；
10．暂时进口货物；
11．准予免税进口的直接军事订货；
12．经国务院及海关总署特准免征监管手续费的其他减免税和保税货物。
征收标准
1．进料加工和来料加工中属加工装配机电产品复出口的货物，按照海关审定的货物CIF价格的1．5‰计征；
2．来料加工中引进的先进技术设备，以及加工首饰、裘皮、高档服装、机织毛衣和毛衣片、塑料玩具所进口的料、件，按照海关审定的货物的CIF价格的1‰计征；
3．进口后保税储存90天以上(含90天)未经加工即转运复出口的货物，按关税完税价格的l‰计征；
4．进口免税货物，按照海关审定的货物的CIF价格的3‰计征；
5．进口减税货物，按照实际减除税赋部分的货物的CIF价格的3‰计征；
6．其他进口保税货物，按照海关审定的货物的CIF价格的3‰计征。
征管
海关监管手续费应当自海关签发缴纳证次日起7天内向海关缴纳手续费。逾期不缴的，海关除依法追缴外，还要自到期之日起至缴清手续费之日止，按日征收手续费总额的1‰的滞纳金。
海关监管手续费应在货物进口时由口岸海关征收，特殊情况可由主管海关在审批减免税货物时征收。海关征收手续费后，对纳费人发给手续缴纳凭证。
计算公式
手续费一律以人民币计征。货物到岸价格如用外币计价，由海关按照填发手续缴纳之日，国家外汇管理部门公布的“人民币外汇牌价”的买卖中间价折合人民币后计征。
(1)免税货物：
手续费金额=到岸价格×手续费率
(2)按税率减免的货物：手续费金额=到岸价格×[1一(减税税率÷法定税率)]×手续费率
(3)按征免比例减免的货物：手续费金额=到岸价格X减免比例X手续费率
计算案例
1.某公司为装配出口机电产品进口一批料件，价格为CIF天津新港60000元，进口保税储存120天后未经加工即转运复出口，问海关应征监管手续费多少?
海关监管手续费计算如下：
海关规定进口后储存在90天以上的货物，未经加工即转运复出口，按关税完税价格的‰征收监管手续费。
该批货物应征收监管手续费=60000X1‰=60元
2．某外贸公司进口货物，到岸价格折合人民币40000元，该批货物关税税率为30%，经有关单位批准关税减免征收(按10%计征)，问海关应征收监管手续费多少?
海关监管手续费计算如下：
依据规定进口减税货物，按照实际减税赋部分的货物到岸价格的3‰计征。
监管手续费=40000X(1—10%/30%)X3‰=80元