海南医学院第二附属医院（海南医学院附属农垦总医院）始建于1952年，是一所集医疗、教学、科研、康复及预防保健为一体的大型公立综合性三级甲等医院，是海南医学院的直属附属医院。

医院以“一部两所四院四中心”发展战略，深入推进学科群打造，目前拥有11个省级重点学科，2个省级医学中心（海南省危重孕产妇救治中心、海南省危重新生儿救治中心），1个省级临床医学研究中心（海南省急危重症医学研究中心），3个院中院（海南省结核病医院、心血管病医院、胸科医院），2个研究所（移植医学研究所、肾脏病研究所）

2023年8月2日，临高县人民政府与海南医学院第二附属医院举行海南医学院第二附属医院托管临高县人民医院签约揭牌仪式。

2024年11月19日，昌江黎族自治县人民政府与海南医学院第二附属医院在昌江人民医院门诊楼前举行托管合作签约揭牌仪式，海南医学院第二附属医院昌江分院揭牌成立。

医院现有职工2809名，拥有393名副高及以上专业技术职称人员，其中博硕士研究生339人，硕士研究生导师47人，博士研究生导师7人；海南省高层次人才123人，其中杰出人才1人，领军人才5人，拔尖人才43人，其他层次74人；享受国务院特贴专家4人，国家卫生部有突出贡献的中青年专家 1人，国家百千万人才工程第三层次1人，省优专家6人，海南省“515”人才工程7人；医院移植医学研究团队、心血管病外科治疗医学研究团队获批海南省“双百”人才团队。

医院承担海南医学院本科生、硕士研究生、博士研究生、留学生等各个层次人才培养工作；是国家首批住院医师规范化培训基地，国家全科医师规范化培训基地。