海南省海防与口岸办公室，于2005年8月由原省口岸管理办公室、省打击走私领导小组办公室与省海防委员会办公室合并成立，为省政府办公厅
副厅级内设机构。
负责制订本省海防管理与基础设施建设、口岸管理与建设和打击走私的法规规章、发展规划和实施细则并组织实施；负责本省海防委员会、打击走私领导小组办公室日常工作;负责本省海防、打击走私与口岸工作的综合管理和协调工作;负责组织验收和审查上报本省口岸的开放与关闭；组织协调开辟国际航线和临时航班（含包机），协助报批外国籍交通运输工具临时进出非开放口岸事宜；督促检查口岸查验单位按照各自的职责，对出入境人员、交通运输工具、货物和行李物品进行检查、检验、检疫、监管；指导监督本省各级口岸管理机构的工作。
负责协调有关部门开展海上、沿海综合治理，打击违法犯罪活动，规范生产秩序，进行隐蔽战线斗争，涉外、涉台船舶和人员管理，军事设施安全保护，反偷渡及偷渡人员遣返事务，海防基础设施建设规划、监管、立项、审核、审批和建设工作。研究、分析走私活动的规律，提出对策、措施和组织实施，组织跨部门、跨地区反走私联合行动和专项斗争，协调查办走私大案，督促、指导查处走私、贩私案件。收集、综合统计分析海防、打私和口岸工作动态，编写简报，总结推广经验。负责海防与口岸办公室文件、会议、财务、后勤、离退休干部管理等综合事务。
负责全省海港口岸的规划、开设、关闭及调整的审核、报批；对新开辟的海上国际（含港澳台）客货运航线和申请临时进入我省非开放区域的外国籍船舶进行审核、报批；组织协调海口港口岸检查检验单位联合办公；直通香港货运车辆指标审核、管理工作；全省鱼苗出口的管理和报批工作；会同有关部门对在本省停泊点停泊期间的香港、澳门、台湾、外籍流动渔船以及小额贸易船舶进行管理；组织有关单位处理海港口岸非常事件；协调处理海港口岸工作中的矛盾和问题，对需要裁决的问题提出处理意见；参与全省共建文明口岸活动的组织工作。
负责空港口岸开放、关闭和审查报批工作；检查督促口岸查验单位按照各自的职责对在空港口岸入境人员、航空运输工具、货物和行李物品、邮件进行检查、检验、检疫监管等；组织协调开辟国际航线和临时航班（含包机），报批外国籍航空交通运输工具临时进出非开放空港口岸事宜；协调处理或裁决各空港口岸单位之间发生的影响口岸运转的争议；在空港口岸发生影响通关、安全、运营等问题时，会同有关部门采取相应措施，恢复空港口岸正常秩序；组织空港口岸单位对工作人员进行涉外政策、纪律和国家安全教育；检查指导各市（县）空港口岸管理工作。
随着形势和任务的变化，省海防、口岸、打私管理机构几经改革，截至目前内设海防处、海港口岸处、空港口岸处、反走私处，并在海港口岸处加挂邮轮游艇管理处。下辖省海防口岸信息中心（正处级）、省口岸综合服务中心。主管省口岸协会、省邮轮游艇协会。口岸所在市、县设置口岸办，分别是海口市口岸管理办公室、三亚市海防与口岸办公室、文昌市海防与口岸办公室、东方市海防与口岸办公室、澄迈县口岸协调管理委员会办公室、洋浦经济开发区口岸办公室。其中，三亚、东方、文昌市实行海防、打私与口岸三办合一，属市政府办公室内设二级机构；海口市口岸办属市商务局内设二级机构；洋浦口岸办挂靠洋浦经济开发区经济发展局，有机构没有专职人员；澄迈有口岸工作人员。国家驻海南省口岸查验机构有海口海关、
海南出入境检验检疫局、海口出入境边检总站、
海南省公安边防总队、海南海事局。