海南省组织机构代码工作始于1993年。1993年至1998年底，全省组织机构代码管理工作由海南省技术监督局标准化处负责；1999年1月以后，海南省组织机构代码管理中心独立运作；2001年2月以后，由海南省质量技术监督标准与信息所下设的代码室负责，增挂海南省组织机构代码管理中心牌子。
1993年，海南省企业、事业、机关和社会团体统一代码标识制度建立。 1994年上半年，通过在银行系统强制使用组织机构代码证，使组织机构代码颁证工作在全省范围内得到迅速展开。同年6月，海南省组织机构代码管理中心批准成立，并设在海南省技术监督局标准化处。随后，部分市县也相继成立了代码管理中心 。当年，继续抓全省企业、事业、机关和社会团体统一代码标识制度的建立，绝大多数市县代码工作符合国家验收标准要求，全省申领代码证书的单位达2万多家。 1998年5月，《
海南经济特区组织机构代码管理办法》的发布实施，为规范海南省组织机构代码工作提供了法律依据，标志着海南省代码工作步入了法制化管理轨道。 2004年海南省组织机构代码管理中心将组织机构代码赋码权全部收回，为进一步提高全省代码数据质量创造了有利条件。 1998年至2008年，海南省代码数据库数据总量已超过14万家。
海南省质量技术监督局先后与各有关部门联合发文，组织机构代码在海南省税务、银行、工商、统计、公安、人事劳动、社会保障、外汇、海关、外贸、财政、机构编制、民政、工会、物价、经济贸易、国家安全等十几个重要部门得到了应用。