康熙二十二年(1691年)六月移驻海坛岛。总镇署设在原
周鹤芝衙署,首任镇守总兵官林贤。
康熙二十七年(1696年),裁中营,将额兵拨入左、右两营。左营设游击、守备、千总各1名,把总4名,外委千总3名,外委把总6名,兵员1152人(其中步兵552人,守兵600人),配备大中小船只19艘,坐马40匹;右营设游击、守备各1名,千总2名,把总4名,外委千总3名,外委把总6名,兵员与左营同,配备船只19艘,坐马22匹。
右营陆汛为
平潭(县城)水仙宫、罗头角、观音澳、渔塘、娘宫、芬尾、草屿,福清的壁头、台寨和
莆田的南日、平海、湄洲等,水汛为观音澳、芬尾、娘宫和莆田的壁头、三江口、涂尾、南日、湄洲、平海等。
两营水汛轮拨千总、把总、外委各1名,负责巡防。巡防区北接
闽安镇,南接金门镇。