海洋环境问题包括两个方面：一是海洋污染，即污染物质进入海洋，超过海洋的自净能力；二是海洋生态破坏，即在各种人为因素和自然因素的影响下，海洋生态环境遭到破坏。

海洋污染物绝大部分来源于陆地上的生产过程。工业生产过程中排出的废弃物是海洋污染物的主要来源，它们集中在大型港口和工业城市附近。

1953—1970年，日本九州岛水俣湾发生的汞污染事件，就是因为工厂在生产有机产品过程中，排出含有汞的废物。这些有害物质流入海洋后，逐渐在鱼和贝类体内富集。最后，导致100多人严重中毒，并先后死亡。图1为尤金·斯密斯摄影作品《入浴的智子》（1972年）核电站和工厂排出的冷却水，水温较高，流入河口或海中时，往往给海洋生物带来影响。施入农田的杀虫剂随雨水流进河流，或者随土壤颗粒在河口附近淤积，最终进入海洋。偶尔性的海上石油平台和油轮事故，引起石油渗漏和溢出，造成海洋污染。

又如海岸活动，倾倒废物和港口工程建设等，也向沿岸海域排入污染物。污染物进入海洋，污染海洋环境，危害海洋生物，甚至危及人类的健康。

除海洋污染外，人类的生产活动，例如工程建设和渔业生产（围垦和滥捕等），以及自然环境的变化，例如全球气候变暖和海平面上升，都会使海洋生态环境遭到破坏和改变。人类对某些海洋生物的过度捕捞，导致海洋生物资源数量减少，质量降低，也使部分物种濒临灭绝。有些海岸工程建设和围海造田缺乏科学论证，破坏了海岸环境和海岸带生态系统。海洋开发活动还缺乏综合的、长远的规划，综合效益比较差。