海洋真菌marine fungi，是生活在海洋中的能形成孢子且有真核结构的微生物。大多数栖于某种基物而生活，少数自由生活，因此，真菌在海洋中的分布主要取决于寄主的分布。
数量最多和分布最广的高等真菌，营腐生生活，善分解纤维素。在热带海域和浅海环境中分布更加广泛。已知有子囊菌类76种，
半知菌类29种，担子菌类2种。②寄生藻体真菌。约占海洋真菌种数的1/3，其中以子囊菌类居多。有腐生、寄生和共生等类型。③红树林真菌。多半是腐生菌，其中子囊菌类23种，半知菌类17种，担子菌类2种。④海草真菌。数量很少，多栖居于叶部。⑤寄生动物体真菌。只限寄生在外骨骼和壳部处。
海洋真菌和
海洋细菌都参加海洋有机物的分解和
无机营养物的再生过程，不断为海洋植物提供有效营养；但海洋真菌是
海洋动物的寄生菌和致病菌，有的能使海洋植物致病，甚至使港湾设施中的木质结构腐烂；某些海洋真菌能破坏
聚氨基甲酸酯等
高分子合成材料。
2022年3月7日，国际学术期刊《Journal of Hazardous Materials》发布报道，介绍了中科院海洋所孙超岷课题组发现的能有效降解聚乙烯塑料的海洋真菌和酶的研究成果。
该真菌不仅能有效降解聚乙烯塑料，还对聚丙烯、聚苯乙烯、聚氯乙烯、聚氨酯、聚酰胺和生物可降解塑料有明显的降解效果，是一株塑料降解谱广泛的真菌，为发展混合塑料降解生物制品提供了绝佳候选材料，并有望突破多种难降解塑料的降解瓶颈。
中科院海洋所孙超岷团队，自2016年开始从青岛近海采集了上千份塑料垃圾，经过大量筛选发现：一个塑料垃圾上附着了一个海洋真菌Alternaria alternata FB1，该真菌在PE塑料表面具有很强的定殖能力。
经过1个月左右的培养，该真菌能够在聚乙烯表面产生明显的降解孔洞。延长真菌处理聚乙烯的时间至4个月，该真菌能够使得塑料发生皱缩、变色，降解塑料碎片从原始塑料上剥离。研究人员进而结合红外光谱、凝胶渗透色谱、X射线衍射、高效液相色谱及质谱等手段多方位证实了该真菌能有效降解聚乙烯，解聚效率高达95%。