栖息于动物消化器官内的微生物，以此动物所摄取食物的一部分或大部分作为自己的食物进行分解，据此，而动物得以把自身酶所不能消化的食物作为营养源，如此两者互利共生，特称为消化共生。栖息于白蚁肠中的超鞭毛虫类（Trichonympha，Tricho－monas等）和细菌，将白蚁摄取的木屑中的纤维素、半纤维素分解成单糖和低级脂肪酸，供给白蚁作为能源和碳源。

消化共生 digestive symbiosis

栖息于反刍动物瘤胃（第一反刍胃）中的细菌（Ruminococcus，Bacteroides等）和纤毛虫（Entodinium，Isotricha，Diplodinium等）称为瘤胃微生物，它可将动物摄取的青草和干草中的纤维素、半纤维素、淀粉等分解成低级脂肪酸。这些低级脂肪酸由瘤胃壁吸收，几乎可作为机体的全部能源和碳源。一般，哺乳类、鸟类的肠内细菌也能协助蛋白质和糖的发酵，以助动物的消化。其中，田鼠的前胃，袋鼠、马和啮齿类的盲肠，鸡、家鸽的肠盲囊等，都是使消化管的特定部位变成了发达的发酵室，对微生物的作用积极地加以利用。