传统淡彩山水画的设色大多遵循“色不碍墨”的原则，即“不能掩墨光，损笔致”。设色是从属的，次要的。凡画“先墨本求工，墨本既工，设色可，不设色亦可”。所以古人的设色大多是在墨本求工后进行的，即色墨分施，而且是“罩”上去的，为的是不损笔墨的精神韵致。设色一般都比较清淡，这符合传统文人以朴素为美的审美趣味。色多以花青、赭石为主。传统淡彩山水画用色通常要与淡墨调和，古人是极反对用浓艳之色的，认为“大抵浓艳之过，则风神不爽，气韵索然”，“火气炫目，则入恶道”。

墨与色的运用

与传统淡彩山水画不同，现代淡彩山水画虽然也非常重视笔墨的作用，但色彩的作用已不再是可有可无，而成为作品中几乎不可或缺的重要因素。综观现代山水画，纯水墨山水已很少见。西画的引进，审美观的嬗变使色彩的审美价值已不再只能是“补笔墨之不足，显笔墨之妙处”了。现代山水画在应用色彩时，比较灵活自由:先墨后色，先色后墨，或交替进行；色可破墨，墨亦可破色。水彩画的一些技法被广泛运用，注意冷暖色的对比，注意光源色《如夕日余晖》。敢用各种颜色，特别是绿色用得多。有些颜色倾向唯美，比如装饰化、抽象化，喷绘也是一种手法。有的作品使用了水彩色、丙烯色甚至水粉色。没骨画法也较多，并追求色彩在纸上渗化所产生出的情趣、韵味。现代淡彩山水设色的比重比传统淡彩山水画大，介于淡彩与重彩之间。