淮阴市博物馆始建于1959年3月，原是展览馆，馆址设于原苏皖边区政府院内(今淮阴市淮海南路30号)。1960年因精简机构，并入淮阴专区文化馆，成为文化馆内分管文物工作的机构。
1961年经
江苏省文化厅批准，与文化馆分离，成立淮阴专区博物馆，馆址设在城南公园(今清宴园)北隅，是淮阴地区的管理文物工作的单位和机构。1965年市县分治，易名清江博物馆，隶属清江市文化局领导，并受淮阴地区文教局委托，代管淮阴地区下属各县的文物考古工作。1968年与清江市图书馆办公。1974年搬回原清江博物馆故址，恢复清江博物馆的编制和名称。1978年利用归国华侨张德先生遗金加地方财政拨款于公园北路11号建立新馆，1980年建好搬迁。1983年撤消地区建市，改为淮阴市博物馆。隶属淮阴市文化局。
淮阴市博物馆南临古运河，北依老圩墙，地处苏北古城清江浦北门外。原先，由于地处圩壕之内，雨水浸流，一片泽国，解放后，人民政府于此修池植树，建栏树塔，辟为城北公园(现易名石塔湖公园)。碧水绿波，花木扶疏，湖光塔影，游人如梭。淮阴市博物馆已和石塔湖，少年宫结连为一体，正日益成为人们的休息、娱乐和参观游览的胜地。
博物馆陈列以及历史文献和考古发掘品为主，并结合大量美丽生动的民间神话传说，运用大量图片、模型和实物资料，展示了淮阴市酿酒业的悠久历史，该馆收藏和民间珍藏的40余件历史酒器也参与陈列。该馆陈列分酒之源流、酒与文化、酒乡淮阴、淮阴名酒四个部分。淮阴灿烂酒文化历历在目，特别是陈列中的淮阴酒风、酒俗、酒礼、酒规部分，恰似一幅五彩缤纷的民间风俗画卷，博物馆最后部分的淮阴名酒，展示了100余家名特产品。给人以琳琅满目，美不胜收的感觉。