深圳出入境检验检疫局是直属国家质量监督检验检疫总局的出入境检验检疫机构，正厅级建制。1999年8月，按照国务院及中编办有关口岸管理体制改革的精神，深圳检验检疫局由原深圳卫生检疫局、动植物检疫局和进出口商品检验局合并组建而成。

深圳检验检疫局内设办公室、法制与综合业务处、检务处、卫生检疫处、动物检验检疫处、植物检验检疫处、食品检验监督处、化矿与鉴定业务处、轻纺检验处、机电检验处、产地证签证处、科技处、认证监管处、人事处、财务处、机关党委办公室政工处、监察审计室、离退休干部处、稽查处、基建处等20个处室，下辖皇岗局1个（副厅级）分支局以及蛇口、文锦渡、罗湖、沙头角、盐田、宝安、龙岗、机场、笋岗、深圳湾等10个正处级分支局，出口加工区、驻邮局、福田保税区、华南国际物流中心等4个正处级办事处，以及动植物检验检疫技术中心、食品检验检疫技术中心、工业品检测技术中心、玩具检测技术中心、国际旅行卫生保健中心、深圳检验检疫局信息中心、机关服务中心等7个直属事业单位，另有大铲湾检验检疫机构正在筹建中。截至2008年7月上旬，全局共有工作人员3000多人，其中正式在编2184人；全局有研究生367人（其中博士研究生32人），大学本科生1168人，大专生368人，大专以上学历共1903人，占正式在编人数的87.1%；全局共有专业技术人员1323人，120人具有高级职称（其中正高9人），611人具有中级职称，中高级专业技术人员共731人，占全局专业技术人员的55.3%。

一、贯彻执行出入境卫生检疫、动植物检疫和进出口商品检验法律、法规和政策规定的实施细则、办法及工作规程，负责所辖区域的出入境检验检疫、鉴定、认证和监督管理等行政执法工作。

二、负责实施出入境卫生检疫、传染病监测和卫生监督，负责口岸传染病的预防与控制工作，负责出入境人员的预防接种和传染病监测体检的管理工作。

三、负责实施出入境动植物及其产品和其他检疫物的检验检疫与监督管理，负责动植物疫情监测、调查等工作，办理国家质检总局授权的动植物检疫审批，实施动植物疫情的紧急预防措施。

四、负责实施进出口商品（含食品）的法定检验和监督管理，负责实施一般包装和出口危险品货物包装检验，负责进出口商品鉴定管理工作，负责实施外商投资财产鉴定，办理进出口商品复验工作。

五、负责实施对进出口食品、动植物及其产品等的生产（养殖、种植）、加工和存放等单位的卫生检疫注册，负责实施进口安全质量许可和出口质量许可工作，负责实施进出口产品、体系认证和实验室认可、人员注册等工作，并监督管理。

六、负责实施国家实行进口许可制度的民用商品的入境验证，负责出口、转口商品的有关出境验证。

七、负责实施出入境交通运载工具和集装箱及容器的卫生监督、检疫监督和有关的适载检验、鉴定，负责出入境交通运载工具、集装箱、包装物及铺垫材料和货物的卫生除害处理的管理工作。

八、负责执行国家、国务院有关部门和国家质检总局的有关检疫、检验的国际协议、协定和议定书等，负责技术性贸易壁垒协定和检疫协议的实施工作。

九、负责签发出入境检验检疫证单和标识、封识，并进行监督管理。负责出口商品普惠制原产地证和一般原产地证的签证工作。

十、负责所辖区域的出入境检验检疫业务统计，调查和收集国外传染病疫情、动植物疫情和国际贸易商品质量状况，提供有关信息。

十一、负责对所辖区域内各类涉外检验检疫、鉴定和认证机构（包括中外合资、合作机构）以及卫生除害处理机构的监督管理。

十二、负责出入境检验检疫科技、标准化和信息化工作，负责有关的国际合作与交流工作。

十三、负责人事管理、教育培训、外事、财务、基建、物资管理、纪检监察、审计、精神文明建设与思想政治工作。

十四、承办国家质检总局交办的其他工作。

深圳检验检疫局内设以下职能处（室）:

一、办公室

负责协调机关日常工作和督查督办，组织重要会议，负责秘书、机要、保密、文印、档案、政务信息与宣传、外事接待等工作。

二、法制与综合业务处

负责有关检验检疫法制工作，承办行政复议、诉讼和司法调查及法制宣传教育，负责检验检疫业务综合协调和统计，负责口岸工作规划、准备及协调，负责涉外检验检疫、鉴定、认证及卫生除害处理机构的监督管理。

三、卫生检疫处

负责出入境卫生检疫、传染病监测和口岸卫生监督，收集国内外有关传染病疫情信息，负责传染病监测体检与预防接种的管理工作。

四、动物检验检疫处

负责出入境动物及其产品和其他应检物的检验检疫和监督管理，承办授权的进境动物检疫审批，收集动物疫情信息，承办出入境动物及其产品的卫生和检疫注册的考核与监督检查。

五、植物检验检疫处

负责出入境植物及其产品和其他应检物的检验检疫和监督管理，承办授权的进境植物检疫审批，收集植物疫情信息，承办出入境植物及其产品的卫生和检疫注册的考核与监督检查。

六、食品检验监督处

负责进出口食品等商品的卫生、质量检验和监督管理，承办进出口食品卫生注册的考核和监督检查。

七、化矿与鉴定业务处

负责进出口石化、矿产、金属材料、陶瓷、进口废物原料等商品的法定检验和监督管理，承办分管商品的进出口安全质量许可的考核和监督检查。负责管理和组织实施进出口法定鉴定业务，负责运载工具、集装箱等的适载检验管理，并协调出入境集装箱及运载工具的检验检疫工作。

八、轻纺检验处

负责进出口轻工、纺织等商品的法定检验和监督管理，承办分管商品的进出口安全质量许可的考核和监督检查。

九、机电检验处

负责进出口机电仪、成套设备、车辆等商品和包装的法定检验及监督管理，负责外商投资财产鉴定工作，承办分管商品的进出口安全质量许可、包装许可的考核和监督检查。

十、产地证签证处

负责普惠制原产地证和一般原产地证的签发与监督管理。

十一、科技处

负责有关检验检疫的科技、标准化工作，负责科技和技术引进，负责情报资料、实验室、仪器设备和计算机信息系统的管理工作。

十二、认证监管处

负责管理和组织实施进出口食品卫生、供港澳敏感商品注册登记和进口安全质量许可、出口质量许可、质量认证认可等监管工作，负责实验室认可及人员注册的有关工作。

十三、通关处

负责出入境检验检疫证书证单的签发工作，负责检验检疫报检、计收费、签证、放行及流程管理。

十四、人事处

负责办理本局和下属分支机构、事业单位的干部任免、调配、考核、公务员管理、职称评聘、机构编制、劳动工资和教育培训、安全保卫等工作。对外工作需要可使用“保卫处”的印章。

十五、财务处

负责本局和下属单位的财务会计、基建计划、国有资产管理，负责对下属单位的财务监督检查。

十六、稽查处

负责组织开展检验检疫行政执法监督检查、工作质量检查和专项稽查活动；负责向局纪检监察部门提供行政执法工作中发现的内部工作人员涉嫌违纪违规案件的线索，并做好有关协查工作；负责对行政执法相对人违反检验检疫法律、法规的行政调查。配合有关部门开展有关整顿市场秩序、打击走私等活动的组织协调工作。

十七、机关党委办公室（政工处）

十八、监察审计室

十九、离退休干部处

二十、基建处

负责深圳检验检疫局较大基建项目的监督管理等工作，负责深圳检验检疫局及各分支机构、事业单位的办公设施的计划、立项、审批及其维护，负责职工住宅等设施的维修等。

一、蛇口出入境检验检疫局

二、皇岗出入境检验检疫局

三、文锦渡出入境检验检疫局

四、罗湖出入境检验检疫局

五、沙头角出入境检验检疫局

六、盐田出入境检验检疫局

七、宝安出入境检验检疫局

八、龙岗出入境检验检疫局

九、笋岗出入境检验检疫局

十、深圳机场出入境检验检疫局

十一、深圳湾出入境检验检疫局

十二、大铲湾出入境检验检疫局

十三、出口加工区办事处

十四、驻邮局办事处

十五、福田保税区办事处

十六、华南国际物流中心办事处

十七、前海湾保税港区办事处

一、动植物检验检疫技术中心

二、食品检验检疫技术中心

三、工业品检测技术中心

四、玩具检测技术中心

五、深圳国际旅行卫生保健中心

六、深圳检验检疫局信息中心

七、机关服务中心

2017年11月，获得中央精神文明建设指导委员会授予的“第五届全国文明单位”荣誉称号。