深圳市中级人民法院的前身是广东省宝安县人民法院。1979年3月，根据国务院批准把宝安县改为深圳市的（1979年）63号文件，广东省高级人民法院决定撤销宝安县人民法院，建立深圳市人民法院，管辖范围与深圳市行政区域相同。由于深圳市1981年7月升格为副省级，1982年1月1日，撤销深圳市人民法院，建立深圳市中级人民法院。此后，深圳市两级人民法院的组织机构逐步健全，基本建设相应改善，审判工作全面开展，审判机构和审判方式改革不断深化。至2014年9月底，全市两级法院共有2439人，其中法官1067人，司法警察183人，其他工作人员1189人；深圳市中级人民法院共有646人，包括法官305人，司法警察47人，其他工作人员294人，平均年龄39.72岁，具有大学本科以上学历的占97.42%，队伍结构呈现年轻化、专业化的特点。
深圳市中级人民法院下辖福田、罗湖、南山、盐田、宝安、龙岗6个基层法院以及蛇口、沙井、布吉、大鹏等21个人民法庭，内设副局级机构2个（政治部、执行局），直属行政单位1个（司法警察支队），司法行政部门7个（监察督查室、政治部干部处、政治部组织教育处、办公室、公共关系处、科技信息处、书记员处），审判业务部门18个（执行局执行裁决处、执行局执行监督处、执行局执行实施处、研究室、审判管理办公室、立案一庭、立案二庭、审判监督庭、刑事审判第一庭、刑事审判第二庭、民事审判庭、商事审判庭、知识产权审判庭、涉外商事审判庭、房地产审判庭、劳动争议审判庭、公司清算与破产审判庭、行政审判庭）。
2020年1月，最高人民法院授予深圳市中级人民法院法律研究室“
全国法院先进集体”称号。