深圳市保税区地方税务局成立于2007年4月26日，负责福田保税区（东起皇岗口岸，西止新洲河东岸，南沿深圳河北岸，北至福强路）和福田区皇岗路、广深高速公路交国花路往南抵深圳河一线以东，红岭路以西，北环大道、泥岗路以南，深圳河以北区域范围内，所有内外资企业、行政事业单位、个体工商户、个人独资企业和合伙制企业的税收管理和检查工作以及全市的反避税工作。

局下设20个科室，包括办公室、人事监察科、计划财务科、征管科、发票管理科、综合服务科、信息管理科、征收科、管理科（9个），反避税科（2个）、行政科。

办公室

负责文件传达、信息收集、宣传及文档管理等。

人事监察科

负责人事管理、教育培训、思想政治工作、纪检监察及党务和档案管理等。

计划财务科

负责计划、统计、票证管理及税务经费管理等。

征管科

负责税政、审理及规程管理等。

发票管理科

负责发票的供应、验销及违章处理等。

综合服务科

负责受理涉税事项及纳税咨询等。

信息管理科

负责硬件管理、系统维护、数据管理等。

征收科

负责税款征收等。

行政科

负责局内行政事务管理等。

管理科

负责辖区内企业的日常税务管理等。

反避税科

负责全市范围内企业的反避税调查。