随着电子支付手段的普及和市民的逐渐认可，原来单一运营商管理的模式已经难以适应多运营商的局面，需要在更大的范围内应用
交通一卡通。2004年7月，深圳市政府召开了“关于研究推进我市交通一卡通相关工作的会议”，提出了深圳市交通坚持“一张卡、一个标准、一个公司运营”的原则，并提出了在坚持企业化、市场化原则的基础上，组建深圳通公司。据此，深圳市深圳通有限公司于2004年12月13日注册成立。
深圳市深圳通有限公司将遵循“
深圳通”“便利生活，自由享受”（Free Life, Free Joy）的理念，为社会提供优质、满意服务为己任，积极做好“深圳通”业务的拓展，为市民出行、生活创造更为快捷、便利的条件。
经营范围包括一般经营项目是：智能IC卡（包括用于公共大巴、公共小巴、出租小汽车、地铁、轻轨、轮渡等公共交通智能IC卡）的开发、制作、销售、应用、充值；电子交易收费系统相关配套设备的技术开发，电子交易收费系统运营技术开发、管理，信息咨询；广告业务。软件开发；技术服务、技术开发、技术咨询、技术交流、技术转让、技术推广；信息系统集成服务；信息系统运行维护服务；互联网销售（除销售需要许可的商品）；互联网数据服务；旅客票务代理；票务代理服务；政府采购代理服务；采购代理服务；供应链管理服务；工艺美术品及收藏品零售（象牙及其制品除外）；日用品销售；日用百货销售；化妆品零售；家用电器销售；厨具卫具及日用杂品零售；食用农产品零售；农副产品销售；电子产品销售；电子专用设备销售；文具用品零售；办公用品销售；日用家电零售；劳动保护用品销售；卫生用品和一次性使用医疗用品销售；玩具销售。（除依法须经批准的项目外，凭营业执照依法自主开展经营活动），许可经营项目是：第二类增值电信业务；互联网信息服务；食品销售；食品销售（仅销售预包装食品）；食品互联网销售；食品互联网销售（仅销售预包装食品）；网络文化经营；出版物零售；出版物互联网销售；第二类医疗器械销售。