深圳机场出入境边防检查站地处深圳特区西部，机关办公楼位于深圳机场六道深圳海关旁边，旅检工作位于
深圳宝安国际机场内。隶属于
深圳出入境边防检查总站，正处级建制，下辖福永检查站，担负深圳国际机场国际航班、
福永码头、航油码头入出境客、员工和飞机、轮船的出入境边防检查、监护任务，是深圳总站唯一位居关外、也是全国出入境边防检查站中唯一集空港、海港、旅检、货检业务为一体的检查站。深圳机场站下设基层科队共9个，包括旅客检查队6个和福永船检队，调研队、技术保障队。
深圳航空等多家航空公司已开通深圳机场至
胡志明、
吉隆坡等地的客运航线，美国联合包裹服务航空（
UPS）、
翡翠航空、
联邦快递等多家航空公司已开通深圳机场至日本、马来西亚、韩国等多个国家和地区的货运航线。深圳机场出入境联检大厅设在国际航站楼D楼一楼，南侧为入境检查厅，北侧为出境检查厅，设入境通道8条、出境通道6条。机场旅客检查队主要负责机场口岸国际客机、货机、公务机和专（包）机等旅客、员工验放及口岸限定区域的监护，每天24小时执勤。
福永码头地处深圳机场北端河口，拥有2个高速客轮泊位和2个货运泊位，已开通深圳至香港国际机场，深圳至澳门客运航线。福永口岸客运码头现有入、出境通道各5条。福永旅客检查队主要负责福永口岸往来澳门和香港机场码头客轮旅客、员工的验放和口岸限定区域的监护，每天从早上7时20分执勤至航班结束约晚上21时。福永口岸货运码头现有入境、出境通道各1条。福永船检队主要负责福永口岸往来港澳小型船舶、国际货轮的验放和口岸限定区域的巡查监护，每天24小时执勤。
深圳机场边检站以其优越的地理位置、优质的服务质量，为扩大国际交往、加强人员往来，促进改革开放和当地经济建设作出了卓越的贡献，入选公安部九总站中率先实现工作目标的重点站之一，于2007年年底，实现了“95%的旅客等候办理边检手续的时间不超过25分钟（年平均）”的近期目标，于2008年6月份，实现了“边检服务水平达到国内一流服务水平，在世界上进入先进行列”的工作目标