1945年，日本无条件投降，驻扎在河南韩家庄的日本军队仓皇撤离。混乱中．随军护士大岛和子（
栗原小卷饰）和才出生几个月的儿子失散。
羊角大娘（
丁一饰）从外村回来，路过杂乱的日军营地，见一个用日军上衣包着的男婴躺在一只藤篮里哭泣。她犹豫再三，还是发了善心，把这日本婴儿抱回家。叔叔康森（
江化霖饰）跟日本人打仗受过伤，反对收养。羊角大娘的哑巴儿子葫芦（
尤勇饰）也不乐意留下这个日本孩子，想把他扔了。迫于无奈，大娘让女儿秀秀（林岚饰）把孩子放在大路口。可到了中午，秀秀流着泪又把孩子抱了回来。她喜欢上这孩子了。从此以后，取名“狗娃”的孩子成了羊角大娘的孙子。
狗娃（
方超饰）一天天长大，长得聪明又善解人意，逐渐赢得了葫芦的喜爱。葫芦带狗娃赶庙会，看见狗娃被孩子们侮辱憋了一肚子气，苦于说不出，只好抱着狗娃用树枝抽打石人出气，狗娃破涕为笑。葫芦和村里人外出开山修铁路前，狗娃贴着他的脸叫他爸爸。一次事故中，葫芦遇难，狗娃再也没见他爹回来。大娘和秀秀出远门赶往葫芦遇难处，含泪将狗娃送给无儿无女的货郎牛金川（
祝士彬饰）。后来，羊角大娘知道狗娃在牛家挨冻受饥，又把狗娃接回了家。为补贴家用，秀秀（
李婷饰）嫁人换回一笔彩礼。
二十年后，中国佛教代表团前往日本访问。明镜法师（
濮存昕饰）的身世引起大岛和子的注意。一根丝腰带把失散三十年的亲生骨肉系在一起。明镜穿上母亲为他准备的和服，亲切地叫了一声他平生第一次呼喊的“妈妈”。离别的时刻来临，明镜重披袈裟，将腕珠留给母亲，嘱她保重身体，母子含泪而别。清凉寺的钟声再次响起，明镜回到了养育他的故乡，这里有更深的爱。
1989年，谢晋终于找到机会拍摄该片，他亲自到郑州说服
李凖修改剧本，由于当时李正在生病，他的妻子出主意让李凖出构思，儿子
李澈执笔，二人共同署名。1990年1月，剧本第一稿完成，但谢晋不是很满意，专程找到刚从河南返回北京养病的李凖，要求再进行一次大改。此后，谢晋接连三次赴京，为剧本出谋划策。剧本还在反复修改时，谢晋先在河南选定了外景地——辉县郭亮村。6月，剧本的第四稿完成了，谢晋比较满意，又请中国佛教协会会长赵朴初过目指正。赵朴初看后对剧本中个别不符合佛教习惯的词句进行了订正，提议把题目改为“清凉寺钟声”，更欣然为片名题字。算上最后的导演工作台本，该片的剧本共改了五稿。
大岛和子一角，谢晋曾想起用
乙羽信子或
倍赏千惠子，但是一位日本导演看了剧本后否定了他的想法。所以，1990年的年底，剧组在河南拍完外景后，大岛和子的扮演者仍没有着落。1991年1月初，谢晋听说栗原小卷来中国参加冰雪艺术节，马上托友人帮他安排与栗原小卷见面，当场提出请栗原扮演和子，并给她看了一段样片。看过样片后，栗原很感动。但由于角色年龄跨度较大，她一度犹豫不决，经过谢晋的劝说，她终于同意出演。
该片是对以往“谢晋模式”的超越，导演的人生思考有了更广阔的视野，对生活的审美把握其角度也发生了转换，而创作路子自然也和过去有了明显的差别。谢晋仍像过去一样喜欢写人性、人情、性格美、心灵美，但大时代的悲观喜怒没有了，带有民族、历史、时代、社会具体印记的道德伦理评判及其强烈明显的欲望没有了，却增加了相对抽象、普遍的人类同情心与人生哲理感，以及皈依于宗教信仰的精神倾向。于是，从影片中原侵略军后代的命运历程和心灵轨迹中，获得了比它所叙述的悲欢离合的故事更广阔、更深邃的意义，从而给人们以思想启迪和精神感受。
也许是为了回应批评者的责难，谢晋在片中下大力气抑制他在过去创作中几乎成为“习惯”的“煽情”，而是调动音乐元素和采用蒙太奇手法来有意识地硬性“说理”。影片的故事生动曲折，在一定程度上掩盖了“说理”本身的缺陷，使影片在某一方面仍有较高的品位。但遗憾的是，在片中，“说理”的主要渠道之一，在相当大程度上是依赖于像明镜法师、一苇法师这样具有特殊身份的苍白人物的直露说教来完成的，结果造成故事和内涵的断裂。该片的真正成功之处还是在于那个充满人情美、伦理美、道德美的动人故事，而导演用力阐发的“深刻”内涵，却难以给人以真正完满的艺术感染和审美享受。（中南大学教授
钟友循评）