清华大学21世纪发展研究院密切围绕中国21世纪发展将要面临的若干重大问题进行了选题，特别是围绕了“科教兴国”和“可持续发展”两大战略，对我国经济、科技、教育、能源、交通等领域中的关键性问题进行了前瞻性、政策性研究。主要研究充分发挥清华大学学科优势，积极开展学科交叉性的重大软科学研究、国家发展与改革的的公共政策研究以及国家、地区或部门的重大发展规划研究。

21世纪发展研究院的研究特色在于：

1.高定位：在管理体制、科研选题、研究组织等方面开拓进取、创新求实，努力形成高水平的一流成果，积极影响各级决策。

2.综合性：实现多学科知识的综合集成，进行多层次、多角度、跨系统的综合研究；并致力于培养跨学科的综合性管理和科研人才。

3.应用型：从解决改革开放和经济社会发展的重大现实问题入手，开展系统而深入的调查和研究，提出切实而有效的战略设想和政策建议。

4.网络式：加强信息沟通与学术交流，促进国内外有关研究机构和个人之间的合作，开展各类咨询服务，在国内外发展研究的合作中发挥积极作用。