该研究所是为适应海峡两岸经济关系迅速发展的新形势而设立的，将以
台湾经济、两岸经济关系和两岸产业交流与合作为研究重点。
研究所下设台湾经济和两岸经济关系研究室、两岸产业合作发展研究中心、综合研究室3个部门，并在2001年4月29日与中盈国际网络公司共同建设了“海峡两岸经济网”（www.hellotaiwan.org.cn/index.asp），为两岸
企业和研究部门提供信息服务。研究所凭借清华大学理、工、文、法多学科的综合优势，以及聘请兼职教授、顾问教授、特邀研究员等方式，开展教学、科研及交流活动。