清华大学防灾减灾工程研究所成立于2000年3月1日，该所是由原土木系抗震抗爆研究所的部分教师与土木系计算机应用研究室的教师组成的。

抗震抗爆研究所所做的防灾减灾工作可以追溯到60年代初，陈肇元院士、江见鲸教授等在水封油库、高强混凝土防护门、钢包高强混凝土拱形防护门、上海人民广场人防工程等方面做过的大量研究工作，取得了一大批研究成果。计算机应用研究室成立于1985年，初期主要从事计算机辅助设计的研究与开发随着研究力量的加强，研究方向进一步向计算机辅助施工、计算机辅助城市管理和防灾减灾等方向拓展，并在这些领域中取得了一大批研究成果。

防灾减灾工程研究所主要承担城市与工程的防灾减灾教学、研究工作和计算机应用的教学、研究工作。