御药房隶属
内务府，其具体职责是为内廷采办、储存、配置药品，药房人员并与
御医分班侍值。侍值又分宫值和外值，宫值地点在皇帝寝宫旁的御药房，外值则在东华门内的太医值房。外值者为宫廷中的
宫女、太监、嫫嫫等人诊病。
御药房的御医是从太医院内医术精湛、品行端正的医士以上人员中选拔的，共10名。御医在进宫之前需在太医院供职6年，有一定的理论基础与实践，并经过3或5年一试、二试、三试合格者，才有资格入选，否则宁缺不补。有时清宫御医也从各省督抚举荐的名医中挑选。
御药房所需药材取自
太医院生药库，尽管太医院也是为皇室成员服务的医疗机构，但御药房领药仍需按定例付给银两，或令与皇室有关的药商采买。所购药材一般为生药，入宫后由御药房医生带领下属太监炮制备用。
御药房的御医尽管直接为皇帝、皇后诊病保健，但地位并不高，在清代二百多年历史中，最优秀的御医级别也不过七品，至于那些承担宫值的被称为“御药房特简供奉”的医药顾问，待遇则更低，仅仅是“日给御膳，月给素蜡，冬给木炭”。