清真南寺，坐西朝东，占地面积6116平方米，建筑面积1706平方米。这是以青砖墙围廓的中国古代殿宇建筑，三进院落，具有民族和宗教特点。全寺以
礼拜殿（亦称大殿）为中心，前后院建有遥殿、讲堂、经掌堂、男女沐浴室、教长室、办公室、外宾室等60余间。
亦称
礼拜殿，是
穆斯林诵经
礼拜伊斯兰教格调特色。后殿四柱挺立，朱红地仗，斗棋昴然，挑檐翘起，檐端悬挂风铎。
殿内原挂有三幅匾额，中为“天方正教”，左为“真实无妄”，右书“清高至贵”（已毁）。
望月楼（亦称遥殿），紧接拜殿，高30米，三层楼，面积22．5平方米。六面窗牖，六面迥廊，六面大角，顶端为铜质新月仰空。房檐六角，挑檐翘起，檐端六个望兽附有风铎。楼为砖木结构，建筑布局严谨，错落有序。这是
穆斯林在斋日时，登高望月之处。南、北讲堂各五间，大理石地面，各110平方米，1755年（乾隆二年）建。
南讲堂为会议室，北讲堂为教长和办公之地。垂花门，1796年（
嘉庆元年）建，仿宫廷式样，木刻花鸟，浮雕石鼓纹，砖刻锒嵌棋子。附属建筑有：饭厅、锅炉房、沐浴室、茶房、车库等。新中国成立后，人民政府曾多次拨款对该寺进行修缮，重建了沐浴室、女沐浴室及女拜殿，增加了采暖设施。该寺是全国第一批重点宗教开放单位，市伊斯兰协会设在这里，有阿訇主持教务，成立了寺务管理委员会。
清真南寺，1985年2月市人民政府公布为市级文物保护单位。2003年3月
辽宁省人民政府石鼓刻文门橔两个，甬道两侧栽植花木。