湖州市中心医院创建于1931年，是综合性三级甲等医院。

医院始建于1931年，前身为浙江省立医院，承担着湖州及安徽宣城、江苏吴江等周边地区400多万人口的医疗保健工作。

2005年成为三级甲等综合性医院，2013年成为浙江大学湖州医院，2018年被列为全国现代医院管理制度试点单位，2019年牵头建立湖州市中心医院医疗保健集团，涵盖吴兴区8个社区卫生服务中心。

2020年成为浙江大学医学院附属湖州医院，开启浙大二院全面深入合作。

2021年增挂“湖州市肿瘤医院”。2022年获批建设浙江省区域医疗中心。

2023年成为浙江中医药大学第五临床医学院。

医院先后获全国文明单位、全国卫生系统先进集体、全国精神文明建设先进单位、全国节约型公共机构示范单位、全国公立医疗机构经济管理年优秀单位、全国医院医疗保险服务规范先进单位、全国综合医院中医药工作先进单位、浙江省抗击新冠肺炎疫情先进集体、浙江省先进基层党组织等荣誉，在全国三级公立医院绩效考核中位列A+。

肝胆胰外科、骨科、神经外科、消化内科、血液科、呼吸内科、心内科、重症医学科、分子诊断学科等。

2008年，根据浙江省精神文明建设委员会下发的浙江省文明单位的复评结果，继续保留“浙江省省级文明单位”的荣誉称号。

2020年11月11日，被中共浙江省委、浙江省人民政府表彰为浙江省抗击新冠肺炎疫情先进集体。

2020年11月，被授予“浙江省先进基层党组织”称号。

2020年11月，入选第六届全国文明单位名单。

2022年，湖州市中心医院神经外科被评为2020-2021年度浙江省青年文明号。