湖州市发展规划研究院的前身为湖州市经济建设规划院，成立于 1993 年 11 月， 2006 年经市机构编制委员会批准更名为湖州市发展规划研究院， 2010 年新一轮机构改革中经市编委批准增挂“湖州南太湖产业集聚区发展研究中心”和“湖州市专家咨询委员会办公室”两块牌子， 2011 年 10 月经市财政地税局批准设立全资下属机构“湖州南太湖工程与国土规划咨询有限公司”。
1996 年，经原国家计划委员会批准，湖州市发展规划研究院取得工程咨询乙级资质；根据《
工程咨询单位资格认定办法》（
中华人民共和国国家发展和改革委员会令第 29 号）的有关规定与要求， 2007 年由国家发展和改革委重新确认，湖州市发展规划研究院具有建筑、市政、机械等专业乙级咨询资质和环境卫生、公路、化纤、纺织、化工等专业丙级咨询资质，成为湖州市唯一具有较高资质的综合性咨询机构。