漕运总督署，始建于宋乾道六年(1170)，由录事陈敏兴修，元时为淮安路总管府，至元三十年，阿思重修；明洪武元年，淮安知府范中政建淮安府署；洪武三年，知府姚斌改为淮安卫指挥使司，景泰年间，都御史王竑督理漕务，知府程宗在此建都察院；到成化五年通判薛淮重修；正德十一年，知府薛[斌金]增建、嘉靖十六年都御史周金在城隍庙东新建都察院；隆庆五年，知府陈文烛将此重修；万历七年，都御史凌方翼将淮安卫迁往城隍庙东，移漕运总督府于此。
今日淮安市淮安区镇淮楼北面的地面高出许多，原来那里是漕运最高管理机关漕运总督署旧址。淮安控扼着重要的水道，是南北水运的枢纽，东西交通的桥梁，漕运集散地，素有“七省咽喉”之称。每年湖广.浙江.江南的千万艘粮船衔尾而至淮安，由未口入淮北上。淮北盐南运，则又由板浦车运至安东（今涟水）坝，渡过黄河，经草湾对岸的盐河，运往淮安城北的河下镇，再运往其他地方。
淮安的特殊地位，也促进了淮安的繁荣。特别是商业十分发达。漕运总督机关设在这里，驻有大批理漕官吏、卫漕兵丁，漕船到达淮安后，要接受潜台衙门的盘查，千万艘粮船的船工水手，清运官兵在此停留，南来北往的商人在此进行货物交易，旅客也常在这里盘桓，这就大大增加了淮安的商品需求量，促进了淮安商业的发展。据记载：当时老淮安城内外店肆酒楼鳞次柿比，“市不以夜息，十分繁华。”
漕运总督公署是朝廷的派出机构，总督都由勋爵大臣担任。景泰二年始设漕运总督于淮安与总兵参将同理漕事(清同治《
山阳县志》)。明代的王竑、李三才、史可法，清代的施世纶、琦善、穆彰阿、思铭、杨殿邦等人都先后在淮安任过漕运总督之职，漕运总督权力显赫，不但管理漕运，而且还兼巡抚，因此也称漕抚。公署机构宏大，文官武校及各种官兵，达二百七十多人，下辖储仓、造船厂、卫漕兵厂等，共约二万多人。
当时，建筑规模宏伟，有房213间。其中大堂五间，中厅七间，大楼五间，后厅五间，耳房东西各三间，厨房七间，案房东西共六间，书吏房二十余间，皂隶房东西五间，工字厅三间，中厅，东西花园，耳房四间，花亭三间，亭东耳房四间，大堂西院一宅计15间，东西耳房厢房，穿廊共32间，水土神祠三间，寅宾馆三间，仪门三间，脚门二间，大门五间，鼓亭二间，牌坊三座：中曰“重臣经理”，东西分别曰“总供上国，专制中原”。司道府县厅共九间，中军旗鼓卫官厅共20间，兵勇各房三十余间，请美堂共15间。中轴线上分设有大门、二门、大堂、二堂、大观楼、淮河节楼。东侧有官厅、书吏办公处、东林书屋、正值堂、水土祠及一览亭等；西侧有官厅、百录堂、师竹斋、来鹤轩等，大门前有照壁，东西两侧各有一座牌坊。以上建筑，在四十年代被侵华日军飞机炸为废墟。屋基、础石仍存地下。更值得一提的是在衙门前有一对全国罕见的石狮。据说，在元朝，朝廷曾从波斯(现伊朗)运进两对艺术价值很高的石狮，一对运往京都，一对留在淮安。可惜，留在淮安的这对石狮，在“文革”中被砸成了碎片。
二三十年代时漕运总督署东侧辟为县体育场，三十年代初在漕运总督署内开了一个剧院，为当时淮安的第一个剧场，以演戏的收入支援东北人民抗日。解放后，此处为淮安县人民体育场。1988年，淮安市政府于遗址上重建门厅九间，中间三间面阔11米，门眉置“
总督漕运部院”匾额，东西各三间均面阔9米，进深5檩3米，檐高4米，青砖小瓦，明柱，抬梁，古朴典雅。