漳州客运中心站于2005年9月20日建成，车站位于市区水仙大街和九龙大道交叉处按照一级车站标准建设，一天可发送旅客10000名，是漳州市第二大车站（仅次于漳州客运南站）。该站占地面积40.2亩，由主站房、站前广场、停车场、加油站、维修车间等部分构成。总建筑面积14900平方米，标准发车位22个，候车厅1500平方米(可同时容纳2000多名旅客)，售票厅340平方米。另外，站前广场面积2800平方米，停车场13500平方米。

2002年7月，漳州汽车客运中心站进入基础及主体工程施工阶段。

2005年9月20日，漳州汽车客运中心站试营业。

2014年3月15日，漳州新城车站关停，原有的12条客运班线统一调到漳州客运中心站发车；8月1日，漳州汽车客运中心站站前广场改造完成正式投入使用。

2017年1月12日，漳州客运西站原有的班车线路将移至漳州汽车客运中心站。

2019年4月29日，漳州客运站17条线路统一整合到漳州汽车客运中心站。

漳州汽车客运中心站位于漳州市区水仙大街和九龙大道交叉处。

漳州汽车客运中心站按照一级站标准设计，占地面积40.2亩，一天设计可发送旅客10000人；其中主站房底层占地面积5476平方米，总建筑面积14900平方米，标准发车位22个，候车厅1500平方米，可同时容纳2000多名旅客，售票厅340平方米，站前广场面积2800平方米，停车场13500平方米。

漳州汽车客运中心站由主站房、站前广场、停车场、加油站、维修车间等部分构成，候车大厅配备有残疾人专用无障碍通道、电子屏幕显示、电脑售票、安全检查等设施；其中，站前广场设有专门的公交车、的士候车区域，两个车辆进出卡口，以及独立的公交车、的士专用通道，禁止无关车辆驶入。

漳州汽车客运中心站候车大厅配备有残疾人专用无障碍通道、电子屏幕显示、电脑售票、安全检查等设施。

2019年五一小长假前三天，漳州汽车客运中心站发送旅客总人数逾万人次，其中，5月1日，漳州汽车客运中心站发送317班次、发送旅客总人数5164人次。

截至2020年8月，漳州汽车客运中心站公交站点分布在出站口公交车站、漳州汽车客运中心站西侧九龙大道、站前广场南侧水仙大街及站前广场前西南侧水仙大街四个位置。

漳州汽车客运中心站站前广场设有的士候车区域，两个车辆进出卡口，的士专用通道，禁止无关车辆驶入。

2015年9月，漳州汽车客运中心站获得中共漳州市委、漳州市人民政府颁发的“漳州市第十二届（2012—2014年度）文明单位”荣誉称号。

2017年5月，漳州汽车客运中心站被福建省人力资源和社会保障厅、福建省交通运输厅授予“2012--2015年度全省交通运输系统先进集体”荣誉称号。