1909年成立，初附属于北京孔教总会，及后才独立。宗旨以“尊崇孔教，发扬圣德，兴学育才，增进文化”为本。

华人向来重视道德教化，为弘扬儒家的道德精神与文化，孔教在1913年已成立小学堂，以推动民间教育。1960年，孔教更编印《孔教中学经选》，选录了共74条自《论语》、《孟子》及其它儒家经典中就孔儒仁义礼智信的名言，供学生背诵学习。每逢农历八月二十七日的孔圣诞，澳门孔教会带领社会各界华人和学校举行纪念与祭典仪式。其举行的仪式采用古制，包括：盥洗礼，迎神礼，奠帛初献礼，晋祝礼，亚献礼，三献礼，受胙礼，送神礼，望燎礼等，仪式由澳门孔教会主持。