破坏微生物的生物学活性和破坏血清中补体的活性称之为灭活。灭活也指用热力或化学品如甲醛、丙酮、酚等杀死致病性的病毒、细菌或其他微生物，制成灭活疫苗的处理方法。这些方法均不会损害微生物的保护性抗原。

灭活是指用物理或化学手段杀死病毒、细菌等，但是不损害它们体内有用抗原的方法。

灭活病毒，会使病毒蛋白的高级结构受到破坏，蛋白不再有生理活性，所以失去感染，致病和繁殖能力，但是常规的灭活不影响病毒蛋白的一级结构，意思就是病毒蛋白的序列没有变化。

灭活激素，一般雄性个体会产生雌性激素，但雄性个体本身并不需要如此大量的雌性激素，所以雌性激素会在肝脏中灭活，来维持体内稳定。

免疫系统对抗原的识别分成两种，一种是构像表位，一种是线性表位。构象表位意思就是蛋白的三维结构，而线性表位就是蛋白的序列一级结构。T细胞只需要识别线性表位就能接受免疫呈递细胞给出的信号，引发免疫反应。

所以灭活的病毒具有抗原性，但失去感染力。这个其实是很多疫苗的制造原理。

灭活的病毒失去感染活性，但仍有融合活性。用于动物细胞工程中的细胞融合的诱导剂。

狂犬疫苗中的病毒是用β-丙内酯（BPL）灭活的。

β-丙内酯（BPL）直接与病毒核酸作用，改变病毒核酸结构达到灭活目的。

甲醛也有灭活功能。

灭活疫苗通常用福尔马林处理破坏其感染性，所以说是“死的”。现在对人广泛使用的唯一的灭活病毒疫苗是流感疫苗。灭活的狂犬疫苗在紧急时才使用，其它的象索尔克脊髓灰质炎疫苗和灭活的麻疹疫苗已经被减毒的活疫苗所代替。

现在多数灭活疫苗均是用1:4000甲醛在37℃经长时间的作用，直至没有剩余感染性但不影响其抗原性和免疫原性。然而，整个过程是经验性的，对于甲醛或其它灭活剂对病毒灭活的化学作用了解得很少。

一个理想的灭活剂必须对病毒核酸（它具有感染性）有特殊的灭活作用而对其衣壳或蛋白外膜（它具有免疫原性）没有作用。当然，甲醛不属于这个范畴，因为它既可通过交联使蛋白质变性，又可与核苷酸的氨基作用。乙型丙内酯或氧化精胺可能是这类灭活剂的候选者。以核酸为唯一靶子的灭活剂（如羟胺）的一个主要问题是可能诱导突变株，除非每一个核酸分子都被灭活剂击中几次或者灭活剂的作用不能产生突变株。在若干种病毒中已知紫外线能产生复数复原作用，因此不能用紫外线照射作为灭活剂。

灭活疫苗最大的困难在于要生产足够的病毒以提供所需量的有关抗原，还在于接种的途径要像产生全身抗体一样有利于促进局部有关抗体的合成。流感病毒疫苗因剂量大常常引起发热反应，特别是在幼儿。用乙醚或脱氧胆盐裂解病毒毒粒能克服这些困难，这种“裂解疫苗”，现在已应用。

病毒失去感染性，称为灭活。了解灭活的条件不仅对从患者分离病毒、防腐和消毒是必要的，而且和疫苗生产也有关系。病毒灭活的机理有三。

一、破坏包膜：包膜含有脂类物质，因之有包膜的病毒可迅速被脂溶剂破坏，如乙醚、氯仿或去氧胆酸钠可使病毒灭活。实际上可利用病毒对脂溶剂的敏感性来检查病毒是否有包膜。物理因子，如渗透压改变、冻融、热和干燥等都可引起包膜破坏。一般认为，呼吸道感染的病毒对于燥抵抗力弱，传播主要是人间直接感染，这是因为有包膜的原故。

二、病毒蛋白质变性：能使蛋白质变性的化学制剂都能使病毒灭活，如酚、甲醛、次氯化物、酸和碱等。加热引起变性也是有效灭活的方法。一般说病毒对热抵抗力弱，60℃几分钟就使之感染性明显降低，因此在分离病毒时，从患者取来的标本需低温保存，迅速送往实验室，长期保存最好置于-80℃以下的低温条件。

三、病毒核酸的损害：X线、γ线等电离辐射可切断核酸，紫外线可使核苷酸链上相邻的嘧啶碱基形成二聚物，而破坏病毒基因的功能。另外吖啶橙或中性红等染料可与病毒核酸结合，暴露于光线之下，可使核酸分解，而使病毒灭活。