灵芝站（Lingzhi Station），位于中国广东省深圳市宝安区境内，是深圳市地铁集团有限公司管理运营的地铁车站，也是深圳地铁5号线和深圳地铁12号线的换乘站，因邻近灵芝公园而得名。

2009年10月25日，灵芝站完成5号线站层主体结构的封底工作。

2011年6月22日，灵芝站投用运营，通行深圳地铁5号线。

2017年7月7日，中华人民共和国国家发展和改革委员会批复了《深圳市城市轨道交通第四期建设规划（2017-2022年）》，深圳地铁12号线一期工程获批建设，其中在灵芝站与深圳地铁5号线换乘。

2022年11月28日，灵芝站通行深圳地铁12号线。

灵芝站位于中国广东省深圳市宝安区创业二路与前进一路交叉口，5号线站层沿创业二路大致呈西南至东北向布置，12号线站层沿前进一路大致呈西北至东南向布置，两线呈“X”型相交，车站东侧为深圳市宝安区司法局、深圳宝安广播电视台、灵芝公园、翡翠华庭，西侧为宝民社区、深圳市宝安区中医院、万科大都会、深圳大悦城，南侧为深圳市新安中学、深圳市新安湖小学、裕安花园、建安花园，北侧为深圳市宝安区孝德学校、水口花园、华联城市全景、中洲购物中心。

据2023年8月深圳地铁官网数据，灵芝站共开放8个出入口。

据2023年8月深圳地铁官网数据，灵芝站各线路的相邻车站如下表所示：

灵芝站5号线站层主要采用浅蓝色调；12号线站层主要采用白金色调，延续了“阳光+新丝路”的线路设计理念，提取大自然中的“光线”为元素，构造成“丝”“脉”“网”，打造温暖、舒适、富有变化的公共交通空间；站台层文化墙背景融入灵芝元素，寓意辛勤耕耘、丰收喜乐、祈求平安，象征和谐平安、祥云瑞气缭绕祖国大地。

灵芝站5号线站层主体结构总长度为228.4米，标准段宽度为21.1米，深度为16.9米，最大深度为26米，顶板覆土厚度为3.51米，南端盾构井处宽度为25.4米，深度为18.54米，换乘节点处宽度为21.2米，深度为22.94米；12号线站层外包总长度为405.9米、标准段宽度为32米、深度为24.4米至25.7米；车站共设置8个出入口，7个紧急疏散安全出入口和4个风亭组。

灵芝站5号线站层主要围护结构采用地下连续墙，12号线站层主体为地下三层三柱四跨框架结构。

灵芝站共设地下三层，地下一层为两线共用站厅层，由栏杆及进出站闸机分隔成付费区、非付费区两部分，中间为付费区，外围为非付费区；站厅层设有售票处、服务台、站务室、安检机、检票闸机等设施，在站厅付费区中部设有前往站台的垂直电梯和自动扶梯，地下二层、地下三层分别为5号线、12号线站台层，其中5号线为岛式站台，12号线为侧式站台。

截至2023年8月，灵芝站为节点岛侧换乘车站，乘客从5号线换乘12号线，主要通过5号线站台两端的楼梯，由于12号线站台为侧式站台，两侧站台不互通，乘客下车后需依据换乘方向往站台两端走，选择相应的楼梯下至12号线站台；乘客从12号线换至5号线，主要通过12号线站台中部的楼梯，乘客下车后，前往站台中部上楼梯至5号线站台后完成换乘。

据2023年8月深圳地铁官网数据，灵芝站各线路的运营时间如下表所示：

据2023年8月深圳地铁官网数据，灵芝站的设备设施如下表所示：

2022年11月28日至12月28日，灵芝站进站客流量约86.68万人次。

截至2023年8月，途经灵芝站的公交线路如下表所示：

灵芝站5号线站层采用明挖顺作法施工，12号线站层采用盖挖逆作法施工。

灵芝站12号线站层在施工过程中布置了75根钢管柱，且钢管柱垂直度不大于3‰，施工作业要求高。

截至2022年11月，灵芝站12号线站台层设有艺术品“娃”，其扎着传统“发髻”造型，但却戴着流行元素“耳机”为饰，配以橙色的色调，既保留传统也融入了当代年轻人的审美需求，两者的碰撞既是文化的传承，又是文化的新生，还显现出中国人民发自内心地拥护实现中国梦，掀起了梦想热潮，也是对深圳拟人化的一种表达。