爱国者组织是由一群爱国成员建立起来的组织。

爱国者的成员（起码算得上是创始人）是Major Zero Big Boss Evaocelot Sigint Para-Medic 全是见证过The Boss牺牲的食蛇者行动的幸存者。爱国者组织成立最初是为了实现The Boss当初为之献身的理想，其资金来源于Ocelot在那次任务中得到的哲学家遗产。

Major Zero和Ocelot所策划的San Hierynomo事件是为了进一步获得关于哲学家们和那笔遗产的信息，不久之后爱国者组织正式成立。

他们原先最初的愿望，只是以向The Boss致敬的意图来保护美国。但是很快他们就尝试着去将他们对于政治，社会，经济等各方面的理解强加于其他各国。试着让其他国家以美国作为样本，统一各国的文化。他们垄断了商业甚至是政府并且很快掌握了整个世界的控制权。

Big Boss的形象在当时已经被媒体各种舆论塑造成了一个传奇性英雄的代表。然而，Big Boss逐渐的开始疏远Zero，并且开始对爱国者组织的理想抱负和处事方式不抱有幻想。他开始憎恨爱国者组织的存在，特别是对已经发生本质性改变的Zero。这样也导致了后来Les Enfants Terribles魔童计划的发生，Zero组织克隆了Big Boss的传奇性基因，作为一种保障方式(说的直白些就是作为防止Big Boss叛变的一种手段)。Para-Medic(后来的Dr.Clark)作为整个计划的总工程师。而Eva就理所应当的成为了那位代孕母亲。

当Zero开始构思着去操控整个世界的时候，Big Boss急切的想要获得他自己的独立与自由。其原本思想概念是要建立一个基因军队构成的国度。他秘密的，非法的重建了FoxHound小分队，并且开始着手建立Outer Heaven，他的目的是完全脱离爱国者组织并且自己创立一个只属于军人的乌托邦式的国度。一个由军人构成主要居民，无政府，完全自由的军事国度。

然而，由Zero领导的爱国者组织，策划了我们后来熟知的Outer Heaven事件(Metal Gear 1)。并且利用了魔童计划克隆出来的Big Boss之子-SOLID SNAKE，在Solid Snake并不知情的情况下来搅乱Big Boss的计划，同样后来的桑吉巴尔岛事件也是那么发生的。在桑吉巴尔一战中，Solid Snake杀死了亦敌亦友的Gray Fox，并且成功杀死Big Boss。事后，两者的尸体都由爱国者收回。Big Boss被严重烧伤的尸体凭借处于试验阶段低温装置被保存在脑死亡然而细胞却仍然存活的状态（原文是昏迷状态）。而Fox就被当成了后来Dr.Clark用于强化骨骼试验的小白鼠了。

Zero并不想再培养新一代的爱国者成员，并且随着数字时代的来临。他决定来使用一套独立的人工智能系统来代替爱国者人工工作的方法，来控制与过滤所有信息。他使用了Big Boss的独一无二的生物数据来作为整个人工智能系统唯一的开启钥。

然而，Zero并不知道，Ocelot和Eva，也像Big Boss一样，开始厌恶整个爱国者组织以及Zero。Big Boss将其Outer Heaven理想传达给他的儿子Liquid。Solid却继续不知情的充当Zero的工具（个人认为爱国者组织对于Big Boss的需要其实后来就是放在了Solid Snake身上，只是一个优秀的工具帮他们完成任务罢了）。Ocelot和Eva也开始着手如何去消灭整个爱国者组织。他俩一同策划了Gray Fox杀害Dr.Clark的“意外事故”，后来Ocelot也在影子摩西事件中以电刑假装意外杀死了Sigint(Donald Anderson)，为了使他保持沉默。

整套人工智能系统网络（包括GW,TJ,AL,TR和最高级的人工智能-JD）继续疯狂成长与扩张，并且自行不断进化升级。Zero的身体一天天变得虚弱，岁数也越来越大。再也不能以他的力量来掌控爱国者了，整套人工智能系统开始自行运作。当Solidus,Raiden和Solid Snake继续在为自己的理想奋斗时，甚至都没有认识到爱国者实际已经不由人来控制的这一点。

由于缺乏对于基本人类情感的理解亦或者当社会功能性的发展超出了人工智能能够计算的等级时。整套人工智能系统开始用一种冷血，死板，毫无感情的方式去创造一个真正高效的社会。我举个例子说明一下：记得最初预告片中不停重复的“战争变了”吗？正是爱国者人工智能的操控使得战争变得商业化，并使得佣兵企业得到发展。这些都是其改变社会“冷血，死板，无感情”的方式所带来的实际后果。建立战争商业化带来的唯一好处只有其经济效益将会特别的高效。SOP-Sons of the patriots系统很快投入到了实战之中。以这种夺取人类基本情感---包括喜悦，哀伤，恐惧。又或者剥夺人类自由的方式来创造他们所谓的简单，实用，能顺从他们控制的“社会”。

然而，这套人工智能系统并不是那么完美。很频繁的容易在判断同样的例行工作和失误上出现严重错误。Ocelot一边在利用这个缺陷，一边在不断让爱国者智能系统把注意力放在了他一个人身上，从而以一次次的事件诱使利用他们仅存的最有力的武器：Solid Snake来慢慢完成他们摧毁爱国者组织的愿望。其整个计划看似是极其缓慢且无法进展的，但是最终，还是成功使Solid Snake面对了整套人工智能系统。而我们MGS4的故事，个人猜测估计就是描写最终Solid Snake如何被Ocelot引诱往返世界各地从而间接性摧毁人工智能系统的一个过程。