逾年改工部虞衡司主事。历迁都水司主事、
营缮司员外郎、郎中,
嘉庆九年(1804)顺天乡试同考官。授江南道、云南道、河南道监察御史,出任九省军门总糟郎堂等职。
奉命巡查京城,抽查通州运京漕米。擢云南道掌印监察御史,转河南道。屡上
章疏,以能言闻名。
牟昌裕做官后,开始当翰林,后来出任监察御史,一直为官清廉,家中没有修察院府。这时,栖霞知县徐秉谦为了讨好牟昌裕,便拨出一笔公款,要在北宫村为牟昌裕家修建一处察院府。牟昌裕知道后,专程回乡阻止,知县徐秉谦不但无功,还险遭弹勃。
嘉庆初年,牟昌裕山监察御史出任糟运总督,朝廷为了保持糟运的顺利,让牟昌裕文官挂武职,以掌管供京郡生存的全部酒运(由南方通过大运河常年往北京运粮)。牟昌裕上任后,通过严厉整访,制定出新的章法,使过去捣鬼贪污的官吏再也不敢捣鬼了。嘉庆九年,岁次甲子暮春,牟昌裕趁回京向朝廷复命之际,游玩了白去观--安葬栖霞名十
丘处机的著名道观。当他看到丘处机的
画像时,随之命道长 取来文房四宝,为丘处机画像题了诗,云:
刘大观《玉磬山房诗集》卷三《留都集》《赠牟松岩》诗云:“战胜纷华者,随时得所安。性如松树古,家比布衣寒。瘦马宫门立,残书雪夜看。期君于捷径,定识此生难。”《玉磬山房诗集》卷六《鹾城集》《赠牟松岩》诗云:“清平门下士,凛凛抱初心。至死操难变,因劳病乃深。残书还夙契,孤子泣愁霖。滞我虞都水,凄凉读讣音。”