崇德元年（公元1636年），皇太极创立了主管少数民族事务的专门
机构——“
蒙古衙门”。崇德三年六月，改蒙古衙门为理藩院。《光绪会典事例》卷20记载，康熙曾追述当年设理藩院的用意说：“太宗文皇帝时，蒙古部落尽来归附，设立理藩院，专管外藩事务”。
王会清吏司是清朝中央
理藩院下设的机构。设郎中 3人（满 1人、蒙 2人）、员外郎 5人（满 2人，蒙 3人），主事蒙 3人，笔帖式11人（满 3人，蒙 8人），经承 2人，帖写
书吏 1人。掌颁发内扎萨克王公等的俸禄，办理朝贡、赏赐等事宜。
可见皇太极改“
蒙古衙门”为理藩院，主要还是管理蒙族事务。随着清王朝统治范围的扩大，理藩院成为统管内、外
蒙古、
察哈尔、
青海、
西藏、
新疆以及西南地区土司各少数民族事务的机关。同时还兼办部分与外国通商及外事交接事务。
第一、掌蒙、回诸藩部王公、土司等官员的封袭、
年班、
进贡、随围、
宴赏、给俸等事，并派遣该院司员、笔帖式等到少数民族聚居地区管事，定期更换 第二、办理满、蒙
联姻事务。凡遇皇帝下嫁公主等事，由宗人府会同理藩院办理；
第三、管理喇叭事务，保护
黄教（黄教为佛教的一派，是明永乐年间唐古特僧人宗喀巴所创）；
第五、修订惩治少数民族的
法律，参加审理刑名案件。理藩院驻各处司员，参加对该地区民族案件的判决。凡判遣罪以上者，均报理藩院会同刑部或三法司审定执行。